A differenza dei laghi e degli stagni, i fiumi sono sistemi aperti, dove si verificano frequenti scambi d'acqua. Nonostante ciò, gli organismi che dipendono dai fiumi richiedono un certo equilibrio. Vari indicatori danno una misura della qualità di un fiume. Queste misurazioni includono ossigeno disciolto, temperatura e pH, che è una misura della concentrazione di ioni idrogeno.
La scala per la misurazione del pH va da 0 a 14 con 7 o meno che rappresenta un ambiente acido, e una lettura superiore a 7 indica un ambiente alcalino.
Uno studio pubblicato sulla rivista Nature ha collegato direttamente l'acidità nei fiumi e nei laghi norvegesi alle piogge acide, che hanno decimato le popolazioni locali di salmoni e trote.
Bassi livelli di pH causano la morte dei pesci stressando i sistemi animali e causando danni fisici, che a loro volta li rendono più vulnerabili alle malattie.
Altri fattori esterni che possono causare fluttuazioni nel pH del fiume includono il deflusso agricolo, la miniera acida drenaggio (AWD) ed emissioni di combustibili fossili come l'anidride carbonica, che crea un acido debole quando disciolto nel fiume acqua.
Il test dei livelli di pH indica l'acidità o l'alcalinità di un campione. I fiumi hanno una certa capacità di prevenire le variazioni di pH dovute alla struttura e alla composizione del letto del fiume. Tuttavia, drastici cambiamenti nel pH possono avere effetti dannosi sulla salute del fiume.