Incubare significa mantenere una temperatura impostata. L'incubazione di un uovo di anatra è il periodo di tempo tra quando l'uovo viene riscaldato alla temperatura corretta dopo la deposizione e quando si schiude. L'incubazione è il periodo di sviluppo dell'anatra embrionale all'interno dell'uovo.
Secondo il Dipartimento di Scienze animali dell'Oklahoma State University, la maggior parte delle specie di anatre domestiche, come l'anatra pechinese, incubano per 28 giorni prima della schiusa. Le anatre mute impiegano 35-37 giorni.
Anche le anatre selvatiche incubano le loro uova per circa 28 giorni. Poiché la femmina impiega diversi giorni per produrre tutte le sue uova, non inizierà a "sedersi" sul nido incubare le uova fino a quando non è stato deposto l'ultimo uovo, per assicurarsi che si schiudano all'incirca nello stesso momento di ciascuno altro.
Melvin L. Hamre, uno scienziato animale presso l'Ufficio per l'estensione dell'Università del Minnesota, afferma che le uova devono essere girate da 3 a 5 volte al giorno, fino a tre giorni prima che si schiudano. Le uova di anatra possono richiedere un'umidità maggiore rispetto alle uova di gallina durante l'incubazione e possono andare bene con una spruzzata quotidiana di acqua tiepida. Ciò aumenta la perdita di umidità attraverso le membrane dell'uovo, consentendo una maggiore sacca d'aria all'interno dell'uovo.
Lo sviluppo dell'embrione di anatra può essere messo in "attesa" per circa una settimana prima dell'incubazione mantenendo le uova a 55-60 F (13-15 C). Lo sviluppo dell'embrione non inizia finché l'uovo non viene riscaldato alla temperatura corretta. Il periodo di incubazione inizia quando l'uovo raggiunge la temperatura corretta di 99,5 F (37,5 C).