La Cambogia ha il terzo più alto tasso di deforestazione al mondo, motivato dalla raccolta del legname e dal taglio netto per l'agricoltura. La deforestazione distrugge gli habitat e sconvolge l'equilibrio dei delicati terreni tropicali. Senza alberi che tengono il terreno in posizione e reintegrano la materia organica con la lettiera, il terreno si erode rapidamente e perde gran parte della sua fertilità nei primi anni di coltivazione.
Gli ecosistemi costieri della Cambogia, molti dei quali sono foreste di mangrovie che forniscono importanti zone di riproduzione per i pesci e protezione dalle inondazioni, sono minacciati da diversi fattori. Gli ecosistemi costieri sono soffocati dai sedimenti liberati dalle aree dell'entroterra recentemente deforestate. Queste acque trasportano anche pesticidi e fertilizzanti pericolosi. Gli allevamenti di gamberetti mal regolamentati causano l'eliminazione delle mangrovie e il rilascio di nutrienti in eccesso nell'acqua, con conseguente crescita eccessiva di alghe e distruzione dell'ecosistema.
Mentre la Cambogia si industrializza, le persone affollano le aree urbane, che stanno crescendo troppo rapidamente perché le infrastrutture igienico-sanitarie possano tenere il passo. Molte aree non hanno sistemi fognari, o nella migliore delle ipotesi sono disfunzionali. Le acque reflue e gli effluenti industriali stanno contaminando le acque sotterranee e di superficie in molte aree urbane. I rifiuti solidi pericolosi trovano spesso il modo di aprire discariche dove possono penetrare nelle acque sotterranee o essere trasportati dal vento.