Elektroforesis gel adalah teknik yang memungkinkan DNA dianalisis pada tingkat molekul penyusunnya. Dalam metode visualisasi DNA ini, sampel ditempatkan pada media gel agarosa dan medan listrik diterapkan pada gel. Hal ini menyebabkan fragmen DNA bermigrasi melalui gel pada kecepatan yang berbeda sesuai dengan sifat elektrokimianya.
Etidium Bromida
Untuk teknik visualisasi ini, etidium bromida dicampur dengan bubuk agarosa, buffer EDTA dan air untuk membentuk matriks gel sebelum dielektroforesis. Akibatnya, molekul etidium bromida menjadi tersebar merata di seluruh matriks. Setelah sumur gel telah diisi dengan sampel DNA masing-masing dan pewarna pelacak, tegangan diterapkan untuk secara perlahan menarik senyawa polar besar melintasi matriks.
Selama gerakan ini, basa molekul DNA untuk sementara mengikat partikel berkat muatan etidium bromida, menyeretnya. Pada saat elektroforesis gel selesai, setiap molekul DNA telah mengambil etidium bromida dalam jumlah yang signifikan.
Di hadapan sinar ultraviolet, etidium bromida menunjukkan fluoresensi. Teknisi menyinari sinar UV yang dikalibrasi khusus di seluruh gel sementara mesin menangkap gambar pecahan yang bersinar.
metilen biru
Jika transilluminator UV tidak tersedia atau praktis, teknisi dapat membuat DNA terlihat dalam kondisi normal dengan merendam gel agarosa yang sudah jadi, dengan DNA elektroforesis di dalamnya, dalam larutan biru metilen semalaman.
Garam klorida dengan anion hidrofobik yang signifikan, molekul metilen biru menembus seluruh matriks gel. Namun, ikatan hidrogen di seluruh DNA menyebabkan molekul noda menumpuk. Peningkatan kepadatan noda DNA ini menghasilkan warna biru yang lebih dalam, terlihat dengan mata telanjang.
Pelacakan Pewarna
Di luar ukuran relatif pita DNA, teknisi dapat mengukur ukuran absolut (dalam pasangan basa) setiap fragmen menggunakan bahan kimia yang disebut pewarna pelacak. Terlihat tanpa penambahan metilen biru atau etidium bromida, pewarna pelacak seperti bromofenol biru dan xilena sianol bergerak melintasi matriks gel aragose selama elektroforesis dengan kecepatan yang sama dengan fragmen DNA yang terdiri dari 300 nukleotida dan 4.000 nukleotida, masing-masing. Dalam elektroforesis, fragmen DNA yang lebih masif bergerak melintasi matriks gel dengan kecepatan lebih lambat daripada fragmen yang lebih kecil. Oleh karena itu, sementara pewarna pelacakan tidak secara langsung mempengaruhi visibilitas fragmen DNA, membandingkan posisi fragmen DNA DNA dalam gel ke posisi pewarna ini memungkinkan teknisi untuk "melihat" perkiraan jumlah nukleotida fragmen DNA mengandung.