Mikroorganisme yang ditemukan dalam limbah berasal dari dua sumber - tanah dan limbah sanitasi. Satu mililiter limbah biasanya mengandung antara 100.000 dan 1 juta mikroorganisme, menurut situs web Mountain Empire Community College. Sementara sebagian besar organisme ini, seperti berbagai jenis bakteri, memainkan peran penting dalam penguraian limbah dan dianggap sebagai komponen integral dari bahan organik, beberapa bersifat patogen, atau pembawa penyakit, dan menimbulkan ancaman bagi publik kesehatan.
Bakteri Parasit
Bakteri adalah organisme sel tunggal yang berkembang biak dalam materi tersuspensi, seperti lumpur. Ketika mereka menemukan pasokan nutrisi, mereka makan dengan mengambil makanan langsung melalui dinding sel dan berkembang biak dengan cepat. Di antara banyak jenis bakteri dalam limbah, jenis yang paling umum adalah coliform fekal, yang berasal dari usus manusia dan menyebar melalui kotoran manusia. Bakteri parasit ini membutuhkan organisme hidup, atau inang, dan persediaan makanan yang tersedia.
Bakteri patogen
Bentuk spesifik bakteri parasit memproduksi racun yang menyebabkan penyakit pada organisme inang. Jenis bakteri patogen ini dapat dikeluarkan oleh orang yang menderita disentri, kolera, demam tifoid, dan penyakit usus lainnya. Patogen yang biasanya ditemukan dalam limbah termasuk Salmonella, Shigella, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium dan Giardia Lamblia, menurut situs web Water Quality and Health Council. Wabah Shigellosis telah dihasilkan dari kerang air tawar yang terkontaminasi oleh aliran air limbah, seperti yang dicatat oleh Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS. Karena pertumbuhan populasi dan peningkatan pembuangan ke air limbah, kelimpahan bakteri patogen yang dihasilkan menguasai proses alami dekomposisi dan pengenceran.
Bakteri Saprofit
Bakteri saprofit melahap zat organik mati, yang membantu memecah limbah menjadi produk sampingan anorganik dan organik. Bakteri ini memainkan peran penting dalam pengolahan limbah dengan memfasilitasi atau mempercepat proses dekomposisi bahan organik. Tanpa bakteri saprofit penguraian tidak mungkin terjadi. Spesies bakteri saprofit yang berbeda binasa setelah memainkan peran mereka dalam tahap dekomposisi yang relevan.
Virus
Di antara mikroba yang ditemukan di limbah adalah virus, yang merupakan organisme parasit yang membutuhkan makhluk hidup untuk makan, tumbuh, dan bereproduksi. Virus patogen yang ada pada air limbah antara lain polio dan hepatitis. Berbagai virus usus, seperti coxsackie, adenovirus dan ECHO, atau anak yatim piatu sitopatik enterik, juga ditemukan dalam limbah cair. Jenis virus lain yang umum di limbah, yang memangsa bakteri tetapi bukan manusia, dikenal sebagai fag atau bakteriofag. Berbeda dengan bakteri, jumlah virus patogen dalam limbah sedikit. Sebuah virus menular tunggal mungkin ada di antara sekitar satu juta bakteri coliform, menurut situs web Mountain Empire Community College.