Pada tumbuhan berbunga, struktur reproduksi betina yang menghasilkan biji terdapat di dalam karpel bunga. Sebuah karpal terdiri dari stigma, gaya dan ovarium. Ovarium mengandung bakal biji (telur) yang menjadi biji setelah dibuahi.
Benih terbentuk ketika gamet jantan yang terkandung dalam serbuk sari bersentuhan dengan gamet betina (ovula) melalui proses yang disebut penyerbukan. Banyak tumbuhan bergantung pada hewan penyerbuk seperti lebah atau kupu-kupu untuk mentransfer serbuk sari dari kepala sari satu bunga ke kepala putik bunga lain. Dari stigma, serbuk sari bergerak ke bawah struktur seperti tabung yang disebut gaya ke dalam ovarium di mana pembuahan ovula terjadi. Setelah dibuahi, ovula tumbuh menjadi biji.
Angiospermae adalah kelompok tumbuhan berbiji terbesar dan paling umum. Angiospermae adalah tumbuhan berpembuluh yang menghasilkan bunga dan buah. Buah dari angiosperma membungkus benih, memberikan nutrisi dan perlindungan bagi embrio yang sedang tumbuh. Contoh angiospermae termasuk jagung, gandum, mawar dan pohon apel.
Gymnospermae adalah tumbuhan berpembuluh yang menghasilkan biji “telanjang”—yaitu biji yang tidak tertutup buah. Kelompok gymnospermae yang paling terkenal adalah tumbuhan runjung (seperti pohon pinus dan pohon cemara.) Biji konifer terkandung di dalam kerucut, bukan bunga.