Sangat sedikit bakteri yang menghasilkan endospora. Hanya beberapa spesies dalam filum Firmicute yang menghasilkan endospora, yang merupakan struktur non-reproduksi yang mengandung DNA dan sebagian dari sitoplasma. Endospora bukanlah spora sejati karena bukan keturunan bakteri. Endospora terbentuk ketika bakteri mengalami kondisi lingkungan yang ekstrim atau merugikan. Mereka dapat bertahan hidup untuk waktu yang lama bahkan ketika kelaparan makanan dan ketika terkena bahan kimia dan suhu yang biasanya membunuh bakteri.
Bakteri Bacillus
Bakteri dalam genus Bacillus adalah yang paling umum dipelajari dari semua bakteri penghasil endospora. Bakteri Bacillus beragam dan berkembang di banyak lingkungan yang berbeda. Endospora bakteri ini sangat beracun bagi banyak organisme, termasuk manusia. Patogen Bacillus anthracis adalah racun terkenal yang telah digunakan oleh para ilmuwan dan teroris. Namun, ada banyak spesies Bacillus lainnya.
Bakteri Clostridium
Seperti spesies bakteri penghasil endospora lainnya, bakteri Clostridium bersifat gram positif, menunjukkan bahwa mereka memiliki karakteristik yang mirip seperti struktur dinding sel. Bakteri gram positif sensitif terhadap antibiotik yang sama atau terkait erat. Bakteri dalam genus Clostridium bertanggung jawab atas berbagai penyakit manusia mulai dari keracunan makanan ringan hingga botulisme serta tetanus dan gangren gas.
Bakteri Desulfotomakulum
Mirip dengan bakteri penghasil endospora lainnya, bakteri dalam genus Desulfotomaculum juga bertanggung jawab atas pembusukan makanan dan penyakit. Bakteri desulfotomaculum dapat menyebabkan makanan kaleng yang buruk rusak. Di mana mereka berlimpah, mereka menghasilkan bau seperti belerang yang tidak menyenangkan.