A Florida Keys ökoszisztéma különféle élőhelyekből áll, köztük mangrove, korallzátonyok és pinelands, amelyek egyedi fajokban gazdagok. Az emberek is az ökoszisztéma részét képezik, és tevékenységük minden élőhelyre, valamint az ott élő állatokra és növényekre kihat. A Keys ökoszisztéma kis földterületből áll, ezért az emberi tevékenység hatásai felerősödnek. A hatások közé tartozik a vízszennyezés, az invazív fajok megnövekedése, a túlhalászás, a csónakázás és a városfejlesztés negatív hatásai, valamint a globális éghajlatváltozás.
A Délkelet-Florida vagy a Florida Keys néven ismert terület emberi népessége több mint 3,9 millióval nőtt 1970-től 2008-ig. A narancsligetek átengedték a lakásépítéseket, a szalagos bevásárlóközpontokat, az ipart és az autópályákat. Ezek a változások a természetes élőhelyek pusztulását eredményezték. Emellett nőtt a vízszennyezés, amelyet a szennyvízkezelés, a szeptikus túlfolyás és a csapadékvíz lefolyása okoz, amely olajat, növényvédő szereket és nehézfémeket tartalmaz.
2010-ben 3,8 millió látogató látogatta meg a kulcsokat. E látogatók közül sok olyan tevékenységet folytatott, mint a horgászat. Az ezen rekreációs tevékenységet folytató turisták és lakosok mellett a kereskedelmi halászat nagy iparág a környéken. A túlhalászás kimerítette a fajokat a Keys ökoszisztémában, így kisebb halak maradtak, és megváltozott a komplex táplálékháló kölcsönhatása.
A csónakázás a környéken nemcsak a légcsavarok által okozott közvetlen sérüléseket okozta a manantánokban, hanem a hajócsavarok nagy hínárterületeket is megsebeztek. A csónakok zátonyra futnak és károsítják a korallzátonyokat, amikor a horgonyok végigkaparják ezeket a finom formációkat. Évente több mint 500 földelés történik a Kulcsokban. Ez elpusztítja az élőhelyeket és negatívan befolyásolja az egész táplálékláncot, ami további fajvesztéshez vezet.
Ahogy az emberek mozognak, olyan fajokat hoznak magukkal más területekről, amelyek felszabadulhatnak az ökoszisztémába. Ezek a fajok letelepedhetnek, és mivel nincsenek ragadozóik, nagyon sikeres, versenytárs őshonos fajokká válnak, és megváltoztatják az egész ökoszisztéma dinamikáját. A Florida Keys-ben élő inváziós állatok és növények közé tartozik az oroszlánhal és a guineai fű. Mindezen helyi közvetlen és közvetett hatások mellett az előrejelzések szerint a globális felmelegedés hatásai felmelegítik a vizeket 4-10 Fahrenheit fokkal, és emeli a tengerszintet, ami valószínűleg túl gyors változásokat okoz az ökoszisztéma számára javítás.