Az ioncserét széles körben használják vízkezelésre mind az ipari, mind a települési vízkezelő rendszerekben. A folyamat számos előnyt nyújt más kezelési módszerekkel szemben. Környezetbarát, a kezelt víz nagy áramlási sebességét képes biztosítani és alacsony karbantartási költségekkel jár. Ezen előnyök mellett vannak bizonyos hátrányai az ioncserének, például a kalcium-szulfát szennyeződése, a vas szennyeződés, szerves anyagok adszorpciója, szerves szennyeződés a gyantából, bakteriális szennyeződés és klór szennyeződés.
A kationos gyantához használt leggyakoribb regeneráló (a gyanta feltöltésére használt vegyi anyag) a kénsav. Néhány rendkívül kemény víz nagy mennyiségű kalciumot tartalmaz, és amikor ez a kalcium reagál a regeneráló kénsavval, a regenerációs folyamat során csapadékként kalcium-szulfátot képez. Ez a csapadék eltömítheti a gyanta gyöngyöket, és elzárhatja az edényben lévő csöveket.
A felszín alatti vízfúrásokból származó takarmányvízben oldható vas van vasion formájában. Ennek a vasnak kis mennyiségét az ioncserélő lágyítók eltávolítják, de ha ez a táplálékvíz a kezelés előtt levegővel érintkezik, a vasionok vasionokká alakulnak. Ezek a vasionok vízzel reagáltatva vas-hidroxid formájában csapódnak le. Ez a vegyület eltömítheti a gyanta gyöngyöket, és befolyásolhatja a gyanta hatékonyságát. Ez akár az öblítőoszlop meghibásodását is eredményezheti.
A tavakból és folyókból származó takarmányvíz általában nagy mennyiségű oldott szerves anyagot tartalmaz. Ennek a tápvíznek a sárga vagy barna színe a bomlott növényzetnek és a benne lévő egyéb szerves anyagoknak köszönhető. Ezek a szerves anyagok tartósan adszorbeálódhatnak a gyanta gyöngyökben, ami csökkentett gyanta hatékonyságot eredményez. A kezelt víz minősége így romlik. Ezeket a szerves szennyeződéseket a gyantával történő kezelés előtt eltávolíthatjuk úgy, hogy a tápvizet alumíniummal kezeljük a szerves anyag kicsapása céljából.
Maga az ioncserélő gyanta időnként szerves szennyeződés forrásává válhat. Az új ioncserélő gyanta gyakran tartalmaz szerves elemeket a gyanta gyöngyökben a gyártás után. A gyanta ilyen szennyeződését úgy kezelhetjük, hogy a kezelt vizet ultraszűrő tisztítón vezetjük át.
Az ioncserélő gyanták nem távolítják el a tápvízből a mikroorganizmusokat, például a baktériumokat, de néha elősegítik a baktériumok növekedését. A gyantaágyak szerves anyagokat halmozhatnak fel, amelyek tápanyagforrásként szolgálnak a baktériumok folyamatos növekedéséhez. Ha a kezelés után steril vízre van szükség, az ioncserélő tisztítóberendezés által előállított demineralizált vizet hővel, ultraibolya besugárzással vagy nagyon finom szűréssel kell kezelni. Az ioncserélő gyanták ágyai fertőtlenítőszerekkel, például formaldehiddel is kezelhetők, de hővel vagy klórral nem, mivel károsíthatják a gyantát.