A Mississippi folyó számos vízi növénynek és állatnak ad otthont egy összetett, egymással összefüggő ökoszisztémában. A vízinövények táplálékot és menedéket nyújtanak a folyó számos különféle fajának, és lehetnek olyan kicsiek, mint az egysejtű algák. A Mississippi folyó számos állatot tartalmaz, a gerinctelenektől a halakig, a békákig és másokig.
Algák
Az Iowa Természeti Erőforrások Minisztériuma szerint Mississippi két fő algatípusnak ad otthont: a zöldnek és a kék-zöldnek. A zöld alga minden egészséges ökoszisztéma alapvető biológiai összetevője; nagy telepeket hoznak létre, amelyek zöldes színt adhatnak a víznek. A kék-zöld algák kevésbé kívánatosak, és kellemetlen algának számítanak. Stresszes ökoszisztémákkal társulnak, és kellemetlen ízeket okozhatnak a halakban, vagy egész populációkat elpusztíthatnak.
Békalencse
Ennek a közös szabadon úszó növénynek egyetlen apró levele és gyökere van, amelyek a vízben lógnak, hogy felszívják a tápanyagokat. Ahogy a neve is jelzi, a kacsafű fontos táplálékforrás sok vízimadár számára.
Vízililiom
A fehér tavirózsa a Mississippi folyó egyik gyakori helyszíne, nagy, lebegő, bőrszerű textúrájú levelekből állnak. Nagy fehér virágokat hoznak létre a levelek tetején, és az alatta lévő sárban gyökereznek.
Folyami rák
Rákosoknak vagy langusztaféléknek is nevezik ezeket a rákokat, mint a kis homárok. Elsősorban fenékadagolók, és más állatoktól, daganatoktól és apró állatoktól fogyasztják a szivárgásokat. A Mississippi folyóban őshonos és invazív rákok egyaránt élnek.
Harcsa
A csatorna harcsa gyakori látvány a Mississippi folyóban. Ők a harcsák legnagyobb száma. Ezek a halak meglepő méretűre növekedhetnek, és elsősorban a folyó fenekére tapadnak. Figyelemre méltóak arra, hogy sokféle csalit ütnek, de a PCB (poliklórozott bifenil) szennyeződés veszélye miatt ritkán kell enni.
Leopard Béka
Ezeket a foltos békákat réti békáknak is nevezik. A Mississippi folyón és környékén élnek. Szennyezőkre és szennyezőkre való hajlamuk miatt gyakran környezeti indikátorként szolgálnak. Időjük nagy részét a patakok és más víztestek peremén töltik, és többnyire rovarokat, ízeltlábúakat és más gerincteleneket esznek.