Még a tudósok sem 100% -ban biztosak abban, hogy pontosan hogyan alakulnak az ametiszt geódok - vagy hogyan alakulnak ki bármely geódok. Nem volt sok kutatás, mert a geodák csak szórakoztató tudományos anomáliák, amelyeknek kevés, ha van, tudományos előnye van. Olyan sziklák, amelyek kívülről egyszerűnek tűnnek, de kinyitáskor a közepén egy üreg található, gyönyörű kristályokkal teli. Az általános tudományos konszenzus az, hogy az ametiszt geódokat két lépésben hozzák létre. Először az üreg kialakulása, majd a kristályok képződése.
Az ametiszt geode egy üreges kőzet, amelynek ametiszt kristályai a belső falakat szegélyezik, ezért először az üreget kell kialakítani. Ez bárhol előfordulhat, ahol a föld felszínéhez közel van vagy volt láva. Ennek eredményeként az ametiszt geódok a földkerekségen több ezer helyen megtalálhatók. Az ametiszt geódokat létrehozó természetes folyamat első lépése a gázüregek kialakulása a lávában. A gázüregek buborékokból képződhetnek (mint ahogy a szénsavasodás buborékokat okoz a szódában). Egyes tudósok elmélete szerint az üregek akkor is kialakulhatnak, ha a fa gyökerei vagy más, a földből kilógó dolgok közelében hűtő láva folyik. A hűsítő láva teljesen megkeményedik, mielőtt kitöltődne a palota körül, üreget hozva létre.
Ezután az üregek tele vannak szilícium-dioxidban gazdag folyadékkal, amely nyomokban vasat tartalmaz. Idővel ez a folyadék kristályokat képez - hatoldalas ametiszt piramisokat (romboédereket). A világos orgonától a mélyliláig terjedő színű kristályok akkor képződnek, ha a folyadékban nyomokban vas van, ami ametiszt geódákat eredményez.