Noha a természeti erők elpusztíthatják vagy megerőltethetik az állati populációt, az ember tevékenységei miatt egyre több állat veszélyeztetett. Bizonyos állatok és növények, különösen a háziasított állatok, például a növények, az állatállomány és a háziállatok, részesültek, sőt felvirágozták azokat a változtatásokat, amelyeket az ember a világon tett. Néhány állatpopulációra azonban hatalmas nyomás nehezedik ezeknek a változásoknak az eredményeként, és egyes esetekben a populációk lényegesen alacsonyabb szintre esnek vissza. Kis populációk vagy korlátozott eloszlású szervezetek rendkívül érzékenyek az okozó tényezőkre veszélyeztetés, függetlenül attól, hogy az ember a szó hétköznapi értelmére vagy a benne foglalt veszélyeztetett fajmeghatározásra támaszkodik-e szövetségi törvény.
Élőhely elvesztése
A veszélyeztetett állatok egyik legjelentősebb oka az élőhelyek elvesztése. Míg az élőhely a természeti erők (éghajlatváltozás, geológiai változások) miatt elveszhet, a ma elveszett élőhely nagy része emberi tevékenységnek köszönhető. A gátak, az autópályák, a csatornák építése, az urbanizáció és a mezőgazdaság drámai módon kihat az őshonos ökoszisztémák lakóira. Még akkor is, ha az ökoszisztéma részei érintetlenek maradva „szigeteket” hoznak létre, a létrejövő élőhely túl kicsi vagy túlságosan szétszórt lehet egy faj támogatásához.
Invazív fajok
Az invazív fajok az állatok veszélyeztetettségének egyik legfontosabb biotikus oka. Sok új ökoszisztémába érkező faj rosszul alkalmazkodik és gyorsan elpusztul. Egyes fajok azonban képesek kiaknázni az ökoszisztémát az őshonos szervezetek kárára. A kis ökoszisztémákat, mint például a szigeteken, jelentősen befolyásolja az invazív fajok betelepülése, de akár őshonos kontinentális és óceáni populációkat is pusztíthat verseny vagy ragadozás a határsértő.
Az erőforrások túlkihasználása
Egy adott halfaj túlhalászása nyilvánvaló és közvetlen ok az állat veszélyeztetettségére. De az ökoszisztéma más szervezetei is károsodhatnak (vagy hasznot húzhatnak) egy adott faj túlzott kiaknázása miatt. Például az aggodalom, hogy a kaliforniai tengeri vidra pusztította az abalone lakosságot, oda vezetett a tengeri vidrák válogatás nélküli megölése, megváltoztatva a többiek közötti biotikus verseny egyensúlyát élőlények. A tengeri vidrák csökkenése robbanáshoz vezetett a tengeri sünök populációjában, amelyek a hínár tartási böjtjein legeltek. Amint a moszat kiszabadult az aljától és a partra került, a hínárerdőktől függő organizmusokat fokozott terhelésnek vetették alá.
Kórokozók és betegségek
A háziasított állatok elterjedése a velük kapcsolatos betegségeket a világ új területeire is átterjesztette. Bizonyos esetekben a betegségek megfertőzték azokat a bennszülött populációkat, amelyek alig voltak rezisztensek a behatoló kórokozóval szemben. Ezek a betegségek elérhetik az őshonos lakosság járványszintjét, tizedelve számukat.
Környezetszennyezés
A szennyezés sokféle formában sok állatot veszélyeztetett. Az ökoszisztémába bevitt növényvédő szerek és egyéb vegyi anyagok jelentősen károsíthatják a nem célzott fajokat. Például a szúnyogok elleni küzdelemben használt DDT végül a madarak szaporodási arányának csökkenésével függ össze. A szennyezés egyéb formái, például a termikus, fény- és zajszennyezés, csökkenthetik a helyi állatpopulációk túlélési arányát.