Kambodzsában a világon a harmadik legmagasabb az erdőirtás mértéke, a fakitermelés és a mezőgazdaság irtás miatt. Az erdőirtás tönkreteszi az élőhelyeket és megzavarja a finom trópusi talajok egyensúlyát. Anélkül, hogy a fák a helyén tartanák a talajt, és a szerves anyagokat levélalommal pótolnák, a talaj gyorsan elkopik, és a termesztés első néhány évében elveszíti termékenységének nagy részét.
Kambodzsa part menti ökoszisztémáit, amelyek közül sok mangrove erdő, amelyek fontos ívóhelyet jelentenek a halak számára és védelmet nyújtanak az áradások ellen, számos tényező fenyegeti. A part menti ökoszisztémákat fojtogatja a szárazföld nemrégiben kiirtott területeiről elszabadult üledék. Ezek a vizek veszélyes növényvédő szereket és műtrágyákat is szállítanak. A rosszul szabályozott garnélarák-telepek miatt a mangrove megtisztul, és a felesleges tápanyagokat a vízbe engedik, ami az algák túlnövekedését és az ökoszisztéma megzavarását eredményezi.
Amint Kambodzsa iparosodik, az emberek a városi területekre özönlenek, amelyek túl gyorsan növekednek ahhoz, hogy a higiénés infrastruktúra folyamatosan lépést tudjon tartani. Sok területen nincs csatornarendszer, vagy a legjobb esetben is működőképesek. A szennyvíz és az ipari szennyvíz számos városi területen szennyezi a felszín alatti és a felszíni vizeket. A veszélyes szilárd hulladék gyakran utat nyit olyan hulladéklerakókhoz, ahol a talajvízbe mosódhat vagy a szél fújhatja.