A centrifuga olyan készülék, amely egy rekeszből áll, amely forog a központi tengelyen. A forgó mozgás miatt az anyagok különféle gravitációik alapján elválnak egymástól. A centrifuga rotor a centrifuga forgó egysége, amelynek rögzített furatait szögben fúrják. A lyukakba kémcsöveket helyeznek, és a rotor forog, hogy elősegítse az anyagok elválasztását. Háromféle centrifuga rotor létezik: lengőkanál, rögzített szögű és függőleges rotor.
A lengőkanálos rotor általában 36–2,2 ml térfogatú mintákat támogat. A lengőkanalak kétféle elválasztást támogatnak: a sebesség-zonális és az izopiknikus elválasztásokat. A lengővödrök előnyösek a sebesség-zónás elválasztásoknál, mert a meniszkusz külseje és a cső aljának külső része közötti távolság elég hosszú ahhoz, hogy az elválás megtörténhessen.
A rögzített szögű rotorokat általában pelletálásra használják, hogy vagy szemcséket pelletezzenek a szuszpenzióból és eltávolítsák a felesleges törmeléket, vagy összegyűjtsék a pelletet. A rotor üregei 0,2 ml-től 1 ml-ig terjednek. A rögzített szögű rotor használatának eldöntésében a legfontosabb szempont a K tényező. A K tényező azt jelzi, hogy a rotor mennyire képes pelletálni maximális sebességgel. Minél alacsonyabb a K tényező, annál nagyobb a pelletálás hatékonysága.
A függőleges rotorok speciálisan specializálódtak. Jellemzően a DNS cézium-kloridban történő összekapcsolására szolgálnak. A függőleges rotoroknak nagyon alacsony a K tényezője, ami akkor hasznos, ha a részecskének csak rövid távolságot kell mozognia, amíg pelletez. A függőleges rotorok működési ideje rövid.