Mikroskopi su korišteni u mnogo različitih polja za promatranje sitnih uzoraka. Postoje razne vrste mikroskopa, svaki sa svojim metodama za gledanje različitih aspekata datog uzorka. Većina mikroskopa ima set objektiva i leću okulara koji omogućuju da se vidi povećana slika. Mnogim se mikroskopima također može dodati kamera za snimanje slika radi kasnije analize. Nastavni mikroskopi obično imaju dva kompleta okulara, tako da druga osoba može vidjeti istu sliku kao i osoba koja upravlja uređajem.
Spoj
Najjeftiniji i najčešći mikroskop koji se koristi u laboratorijima je složeni mikroskop. Ovi mikroskopi koriste leće različitih jačina za povećavanje predmeta. Složeni mikroskopi obično imaju okular, set zrcala i leću objektiva koji rade zajedno. Slike se vide u dvije dimenzije. Uz pomoć nastavka kamere za mikroskop, promatrač može kasnije spremiti slike za analizu.
Skenirajući elektronski mikroskop
Skenirajući elektronski mikroskop može promatrati objekte s 3-D slikom. Slike imaju veliko povećanje i visoku razlučivost, ali izgledaju crno-bijelo. Da bi se napravile detaljne slike, uzorak je presvučen česticama zlata. Elektroni se odbijaju od pozlaćenog sloja da bi stvorili sliku. Ova vrsta mikroskopa korisna je za detaljno gledanje vrlo sitnih predmeta, a slike se spremaju za kasnije gledanje. Uobičajeni objekti koji se pregledavaju su detaljne slike bakterija, virusa i nekih staničnih komponenata.
Prijenosni elektronski mikroskop
Ova vrsta mikroskopa koristi elektrone za prolazak kroz uzorak. Dvodimenzionalne slike nastaju stvaranjem tankih kriški visoke razlučivosti i velikog povećanja. Prijenosni elektronski mikroskopi korisni su za dobivanje slika kroz debljinu uzorka, a ne samo kroz površinu. Budući da su skupi, vjerojatnije je da će se ovi mikroskopi naći u velikim istraživačkim objektima i na sveučilištima.
Stereoskop
Stereoskopi se mogu koristiti za pregled objekata u tri dimenzije. Povećanje nije toliko jako kao kod drugih vrsta mikroskopa, ali omogućuje vam da vidite detalje koji se inače ne bi vidjeli golim okom. Oni se nazivaju i "disekcijskim" mikroskopima, jer se obično koriste kao pomoć pri disekciji malih primjeraka.
Fluorescentni mikroskop
Mikroskopi se mogu koristiti za prikaz različitih aspekata uzorka mijenjajući način stvaranja slike. Fluorescentni mikroskopi koriste specifične boje svjetlosti za interakciju s bojama. Kako se boje osvjetljavaju, određene se strukture mogu izolirati i promatrati s odgovarajućim bojama. Ova vrsta mikroskopa korisna je za promatranje specifičnih proteina unutar stanice. Za snimanje slika iz mikroskopa obično je pričvršćena kamera.