Mikroskop se koristi u raznim znanstvenim područjima u mnoge različite svrhe. Bilo da se radi o forenzici ili tradicionalnoj medicinskoj znanosti, mikroskop je nezamjenjiv instrument.
Analiza tkiva
Uobičajeno je da histolozi proučavaju stanice i tkiva pomoću mikroskopa. Na primjer, ako se dio tkiva uzima za analizu, histolozi mogu pomoću mikroskopa u kombinaciji s drugim alatima utvrditi je li uzorak karcinom.
Ispitivanje forenzičkih dokaza
Dokazi prikupljeni na mjestu zločina mogu sadržavati informacije koje nisu vidljive golim okom. Na primjer, pruge u mecima mogu se ispitati pod mikroskopom kako bi se utvrdilo podudaraju li se s mecima iz određenog pištolja.
Utvrđivanje zdravlja ekosustava
Uobičajeno je da terenski biolozi prate zdravlje određenog ekosustava, poput potoka, pomoću mikroskopa za utvrđivanje broja i raznolikosti organizama u određenoj regiji vrijeme.
Proučavanje uloge proteina unutar stanice
Znanstvenici u istraživanju smatraju da su mikroskopi neprocjenjiv alat kada proučavaju funkciju proteina u stanicama. S današnjom tehnologijom, mnogi se proteini mogu označiti oznakom i proučavati u živim stanicama.
Proučavanje atomskih struktura
Moćni mikroskopi poput mikroskopa s atomskom silom pomogli su znanstvenicima u proučavanju površina pojedinih atoma.