Genetski modificirani usjevi uključuju sorte kukuruza, pamuka i krumpira. Ove biljke imaju u svoj genom umetnut bakterijski gen iz Bacillus thuringiensis (Bt). Gen Bt kodira sintezu toksina koji ubija ličinke insekata. Ostali usjevi su genetski modificirani da izdrže određeni herbicid. Iako ove kulture mogu potencijalno prehraniti rastuću svjetsku populaciju, one također predstavljaju ozbiljne rizike za prirodnu raznolikost organizama ili biološku raznolikost.
Upotreba herbicida
Herbicidi su otrovni za mnoge vrste. Kada se herbicid primijeni na poljoprivrednim krajolicima, štetne kemikalije ulaze u prirodne ekosustave. Mnogi vjeruju da usjevi otporni na herbicide potiču povećanu upotrebu herbicida, a kada se koristi više herbicida, još više kemikalija završi u prirodnim sustavima. Te kemikalije ubijaju izvorne biljke koje izravno hrane životinje i obolijevaju vodozemce, što uzrokuje smanjenje biološke raznolikosti.
Out-prijelaz
Kad geni genetski modificiranih usjeva uđu u okoliš, oni mogu poremetiti prirodne biljne zajednice, ugroziti biološku raznolikost i ući u opskrbu ljudske hrane. U rujnu 2000. StarLink, vrsta Bt kukuruza koja nije odobrena za prehranu ljudi otkrivena je u taco školjkama u Sjedinjenim Državama. Sljedećih mjeseci StarLink je također otkriven u raznim žutovitim proizvodima, od kojih su neki izvan zemlje. Isprva se sumnjalo da su neki uzgajivači ignorirali sporazume da StarLink ne prodaju mlinovima. Međutim, razgovori s uzgajivačima otkrili su da mnogi ili nisu dobili jasne upute o tome ne prodaje StarLink mlinovima ili im je rečeno da će neodobrena sorta biti odobrena žetvom vrijeme. Točne točke na kojima je StarLink ušao u opskrbnu liniju ostaju nepoznate, a prema seriji Cornell Cooperative Extension's Projekt obrazovanja za javna pitanja genetički proizvedenih organizama, možda se probio u više od polovice američkog kukuruza pribor.
Otpornost na herbicide
Područja iz kojih potječu biljne vrste posebno su osjetljiva na prelazak s lokalnim sortama. U Meksiku, gdje postoji preko 100 jedinstvenih sorti kukuruza, zabranjen je genetski modificirani kukuruz. Unatoč zabrani, u meksičkom kukuruzu pronađeni su geni genetski modificiranog kukuruza. Biljni genetičari iz U.C. Riverside je pokazao da gen potječe iz mnogih konvencionalno uzgojenih usjeva povećava korovnost kod divljih srodnika i postoji nekoliko slučajeva u kojima su postale usjevne biljke korov. Povećana korovitost zabrinjava kada su biljke genetski inženjerski sposobne nadmetati druge vrste proizvodnjom više sjemena, daljnjim raspršivanjem peludi ili sjemena ili snažnijim rastom u određenim vrstama okruženja. Transgeni suncokreti mogu proizvesti 50 posto više sjemena od svojih tradicionalnih kolega i nekih istraživači su zabrinuti da genetski modificirane biljke mogu postupno istisnuti vrijedne genetske raznolikost.
Bt toksin
Toksini proizvedeni genetski modificiranim usjevima prijete biološkoj raznolikosti, a prema Sierra Clubu, genetski inženjering treba smatrati ekološki opasnim. Studija Sveučilišta Cornell pokazuje da Bt toksin ubija ličinke korisnih, neciljanih vrsta, poput moljaca i leptira. Slična istraživanja ukazuju na smanjenje ostalih korisnih vrsta, uključujući čipke i bubamare. Toksin također ostaje u korijenovim sustavima kukuruza Bt i u biljnim ostacima dugo nakon berbe usjeva i može imati štetne posljedice za milijune mikroorganizama koji žive u tlu i održavaju ga plodnost. Kad se Bt toksin veže za čestice tla, može trajati dva do tri mjeseca. To može imati negativne utjecaje na vodene i zemljišne beskralješnjake, kao i na procese ciklusa hranjivih sastojaka koji se javljaju u bakterijskim vrstama.