Organizmi koji žive u sredinama koje bi mogle naštetiti ili ubiti većinu stvari nazivaju se ekstremofilima. Kada ta ekstremna okolina ima vrlo nizak pH, općenito ispod tri, poznati su kao acidofili. Acidofilne bakterije žive na raznim mjestima, od otvora na dnu mora do termalnih karakteristika u Yellowstone za ljudski želudac, a svi imaju prilagodbe koje će im pomoći da prežive u teškim, kiselim uvjetima.
Helicobacter pylori
Helicobacter pylori vrsta je bakterija koja se nalazi u ljudskom želucu i odgovorna je za 80 do 90 posto čira na želucu (vidi referencu 3). Oblikovan je poput vijka s nekoliko bičeva koji mu pomažu u kretanju. Ljudski želudac može imati pH nizak od dva, dovoljno kiseo da denaturira proteine, počne probavljati hranu i ubiti većinu bakterija. Helicobacter pylori je acidofilni, ali radije ne bi trošio energiju čuvajući se od štetnih učinaka kiseline, tako da puno vremena provodi zakopan duboko u želučanoj sluzi. Kada se treba premjestiti s mjesta na mjesto, izolira se zaštitnim mjehurićem puferske otopine koji neutralizira kiselinu.
Thiobacillus acidophilus
Thiobacillus acidophilus primjer je termo-acidofila, što znači bakterija koja voli ekstremno vruće i izuzetno kiselo okruženje. Nalazi se u kiselim gejzirskim bazenima u nacionalnom parku Yellowstone, kao i na drugim mjestima. Zanimljiv je i zato što je sposoban za fotosintezu, odnosno dobivanje energije od sunca. Poput većine acidofilnih bakterija, preživljava pomoću vrlo učinkovite protonske pumpe kako bi spriječio ulazak previše atoma vodika unutra i promjenu unutarnjeg pH.
Acetobacter aceti
Većina acidofilnih bakterija koristi prilagodbe kako bi održala svoj unutarnji pH neutralnim kako kiselina ne bi denaturirala njihove proteine, ali Acetobacter aceti je modificirao svoje proteine tako da im kiselina ne šteti okruženja. Studija u primijenjenoj mikrobiologiji okoliša pronašla je više od 50 specijaliziranih proteina koji su evoluirali kako bi pomogli bakteriji da se nosi s kiselim uvjetima. Sva je ta prilagodba dobra za ljude jer već tisućama godina koristimo ovu vrstu za stvaranje octene kiseline ili octa.
Oligotropha corboxydovorans
U dubokom moru gdje ne prodire svjetlost, termalni otvori na morskom dnu izbacuju kiselinu i druge otrovne materijale. Ovi otvori čine osnovu za nevjerojatan ekosustav. Ima jedna dagnja koja živi među termalnim otvorima simbiotski odnos s Oligotropha corboxydovorans. Dagnja pruža dom, a bakterije troše vodik da bi stvorile energiju za oboje. Atomi vodika sustave zakiseljavaju i te su bakterije pronašle način da koriste vodik i pretvore se u minijaturne gorivne stanice.