Prema web mjestu BioWeb sa Sveučilišta Wisconsin, PCR primer je kratki, sintetički oligonukleotid (obično između 18 do 25 baza) koje se koriste za pojačavanje određenih regija DNA u tehnici molekularne biologije poznate kao lančana reakcija polimeraze (PCR). Potrebni su i premaz za naprijed i natrag, dizajnirani da budu reverzni komplementi DNA lanca, kako bi se stali u bok i vezali za željeno područje DNA. Kad znanstvenici žele provesti istraživanje na određenom genu ili regiji DNA, prvo trebaju provesti PCR kako bi stekli dovoljno ciljane regije za rad. Dizajniranje sljedova temeljnih premaza za područje od interesa može biti potrebno ako već nisu dostupni putem prethodno objavljenih istraživanja ili komercijalnim sredstvima.
Nabavite nukleotidnu sekvencu gena ili DNA regije od interesa i odlučite koliko dugo fragment želite pojačati. Premaz za naprijed i natrag dizajniran je da se veže na početku i na kraju željenog fragmenta. Tipično, konvencionalne PCR metode koriste početnice koje boče područje između 100 do 1.000 baznih parova, dok PCR metode u stvarnom vremenu koriste fragmente duge oko 50 do 200 baznih parova.
Odlučite gdje u slijedu želite da početni slojevi leže. Na primjer, možda ćete htjeti mjesto blizu 5 'ili 3' kraja niza ili u sredini. Ako želite, odredite mjesto početnih slojeva koji će se protezati na intronu.
Dizajnirajte temeljne premaze duljine od 18 do 24 baze. Vincent R. Prezioso, dr. Sc., Iz Brinkmann Instruments Inc., sugerira da je ta duljina dovoljno duga da može biti izuzetno specifična za željenu regiju DNA, ali dovoljno kratka da se lako veže (žari). Temperatura topljenja temeljnog premaza (Tm) trebala bi biti između 55 i 80 Celzijevih stupnjeva, dovoljno niska da omogući potpuno topljenje na ili iznad 90 Celzijevih stupnjeva, ali dovoljno visoka da omogući žarenje. Sadržaj GC (postotak Gs i Cs u nizu) trebao bi biti između 40 i 60 posto. 3 'kraj slijeda temeljnih premaza trebao bi završiti na C ili G (nazvan GC stezaljka) kako bi se promoviralo vezivanje, jer G i C nukleotidi imaju jače veze, međutim, izbjegavajte imati tri ili više G ili C u posljednjih pet baza slijeda.
Izbjegavajte ponavljanja četiri ili više jedne baze (poput ACCCC ...) ili četiri ili više di-nukleotidnih ponavljanja (poput ATATATAT ...) jer mogu uzrokovati pogrešno određivanje. Dizajnirajte temeljne premaze bez homologije unutar prajmera (više od tri baze koje se nadopunjuju unutar jedne sam temeljni premaz) ili homologija između temeljnih premaza (gdje se premaz prema naprijed i natrag nadopunjuje sekvence). To može uzrokovati samodimere ili primer-dimere, gdje se početnici vežu za sebe umjesto da se vežu za željenu sekvencu DNA.
Koristite mrežne izvore i web stranice koje pomažu u dizajniranju temeljnih premaza ili pomažu u provjeri sekvenci početnih slojeva radi samo-dopunjavanja ili mogućnosti izrade sekundarnih struktura poput ukosnica. Neke web stranice za dizajn primera uključuju Primer3 Massachusetts Institute of Technology, Primer-Blast i Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer Nacionalnog centra za biotehnološke informacije.