Western blot je jedan od najčešćih postupaka u biokemijskim laboratorijima. U osnovi odvaja proteine od uzorka prema veličini, a zatim testira pomoću antitijela kako bi utvrdio je li dati protein prisutan. Korisna je ne samo u istraživanjima već i u medicinskim ili dijagnostičkim laboratorijima; testovi i za HIV i za Lymeovu bolest, na primjer, uključuju test enzimskog imunološkog testa (ELISA), nakon čega slijedi Western blot ako su ELISA testovi pozitivni. Unatoč popularnosti, Western bloting ima nekoliko nedostataka.
Nekvantitativni
Klasični Western blots nisu kvalitativni. Drugim riječima, iako mogu reći istraživačima da li je određeni protein prisutan, oni ne omogućuju kvantificiranje količine proteina koji je prisutan. Neke biotehnološke tvrtke sada prodaju komplete koji omogućavaju istraživačima ili laboratorijskim tehničarima da kvantificiraju količinu protein prisutan pomoću standardne krivulje - ali to djeluje samo ako su čisti uzorci istog proteina dostupno. Štoviše, molekularna težina proteina može se procijeniti samo Western blot-om, umjesto da se odredi točno kao kod masene spektrometrije.
Protutijela
Western blot može se izvesti samo ako su dostupna primarna antitijela protiv proteina od interesa. Iako su antitela za mnoge različite proteine dostupna u biotehnološkim tvrtkama, nisu jeftina; ako primarna antitijela nisu dostupna za zadani protein, neće biti moguće izvršiti Western blot u potrazi za tim određenim proteinom. Štoviše, istraživači će možda htjeti utvrditi je li protein na neki način modificiran - je li fosforiliran (je li imao fosfatna skupina vezana uz nju), na primjer - i s Western blot tehnikom trebaju antitijela specifična za modificirane protein.
Trening
Može biti izazov pravilno izvesti Western blot i postići dobre rezultate, tako da osoblje mora biti dobro obučeno. U ovome je, kao i u mnogočemu drugom, iskustvo možda najbolji učitelj; čak i za iskusnog tehničara, Western blot oduzima puno vremena. Primjerice, dio eksperimenta s elektroforezom u gelu obično će trebati jedan do dva sata. I drugi se zadaci mogu izvoditi dok gel djeluje, naravno, ali eksperiment ipak treba dosta vremena da se dobiju rezultati.
Ostala ograničenja
Protutijela mogu ponekad pokazivati neko izvanciljno vezanje, što može dovesti do lošijih rezultata. Štoviše, kod Western blot-a koristite antitijelo protiv određenog proteina, tako da će vam rezultati reći samo je li taj protein prisutan. Suprotno tome, masena spektrometrija visoke rezolucije otkriva sve proteine prisutne u uzorku, a za razliku od klasičnog Western blot-a to je kvantitativno. Važno je naravno imati na umu da je masena spektrometrija mnogo skuplja i također tehnički zahtjevnija za upotrebu u usporedbi s Western blot-om.