Možda je najvažniji način na koji se spore plijesni razlikuju od bakterijskih endospora je taj što su plijesni klasificirane kao takozvane više gljive. Kao takvi sadrže ono što biolozi nazivaju eukariotskim staničnim tipom. S druge strane, bakterijske endospore nastaju iz bakterija koje su - kao skupina - klasificirane kao prokariotske stanice. Razlika između prokariontske stanice i eukariotske stanice temeljna je u biologiji. Najjednostavnije rečeno, bakterijska je stanica strukturno mnogo jednostavnija.
Eukariotska stanica - kao one u sporama plijesni - prepuna je kompleksa staničnih struktura nazvanih organele. Organele vrše sve vrste staničnih funkcija, a jedna od najuočljivijih organela je jezgra. Jezgra eukariotske stanice plijesni spojeva sadrži DNA koja omogućuje stanici da funkcionira i razmnožava se. To je za razliku od bakterijskih endospora u kojima je DNA više ili manje slobodna u citoplazmi stanice.
Osim jezgre, sporena stanica eukariotske plijesni sadrži organele poput endoplazmatskog retikuluma ili ER. ER je u osnovi poput labirinta presavijenih membrana u kojem se provode mnogi biokemijski procesi vitalni za stanicu. U sporama plijesni ER je povezan s nuklearnom ovojnicom, membranom koja okružuje staničnu jezgru. U bakterijskim endosporama ovaj raspored nedostaje.
Bakterijske endospore ne sadrže gotovo nijednu razinu stanične sofisticiranosti prisutne u sporama eukariotske plijesni. Druga razlika između bakterijskih endospora i spora plijesni - osim njihove temeljne razlike u tipu stanica - je uloga koju oni igraju u povijesti života svojih organizama. Bakterijska endospora je otporna struktura koja nastaje unutar stanice bakterije. Za razliku od spora plijesni, bakterijska je endospora posebno prilagođena da se odupre nepovoljnim uvjetima okoliša. Ključna značajka bakterijskih endospora je spoj nazvan dipikolinska kiselina. Ovaj spoj, iako ne prevladava u sporama plijesni, ključan je za posredovanje otpornosti bakterijskih endospora na nepovoljne uvjete okoliša.
Postoje brojne druge razlike između bakterijskih endospora i spora plijesni. Većina ih je, opet, povezana s temeljnom razlikom između eukariotske i prokariotske stanice. Mnoge druge organele, osim već opisanih, prisutne su u sporama plijesni, ali odsutne u bakterijskoj endospori. To uključuje strukturu koja se naziva Golgijev aparat i druge poput takozvane nukleoluse. Nukleolus je struktura unutar jezgre eukariotskih stanica i aktivan je u sintezi bjelančevina presudnoj za funkciju stanica. Bakterijske endospore obavljaju mnoge iste ključne životne funkcije kao i spore plijesni, ali to čine bez blagodati sofisticiranih organela sadržanih u sporama plijesni.