Ekosustav Florida Keys sastoji se od raznolikih staništa, uključujući mangrove, koraljne grebene i borovine, bogata jedinstvenim vrstama. I ljudi su dio ekosustava, a njihove aktivnosti utječu na sva staništa te životinje i biljke koje ih nastanjuju. Ekosustav Keys sastoji se od malog područja kopna, stoga su učinci ljudskih aktivnosti povećani. Učinci uključuju onečišćenje vode, povećane invazivne vrste, prekomjerni ribolov, negativne učinke plovidbe i urbanog razvoja te globalne klimatske promjene.
Ljudska populacija područja poznatog kao Jugoistočna Florida ili Florida Keys porasla je za više od 3,9 milijuna od 1970. do 2008. godine. Narančasti gajevi ustupili su mjesto stanovima, trakastim centrima, industriji i autocestama. Te su promjene dovele do uništavanja prirodnih staništa. Uz to, povećalo se zagađenje vode uzrokovano pročišćavanjem otpadnih voda i septičkim preljevom i oticanjem oborinskih voda koje sadrže ulje, pesticide i teške metale.
U 2010. godini ključeve je posjetilo 3,8 milijuna posjetitelja. Mnogi od tih posjetitelja bavili su se aktivnostima poput ribolova. Uz turiste i stanovnike koji se bave ovim rekreacijskim aktivnostima, komercijalni ribolov velika je industrija u tom području. Prekomjerni ribolov iscrpio je vrste u ekosustavu Keys, ostavljajući manje ribe i mijenjajući interakcije složene prehrambene mreže.
Vožnja čamcem na tom području dovela je ne samo do izravnih ozljeda morskih krava uzrokovanih propelerima, već su i propeleri ožiljali velika područja morske trave. Čamci se nasukavaju i oštećuju koraljne grebene dok sidra stružu tim delikatnim formacijama. Svake se godine u Ključevima dogodi više od 500 uzemljenja. To uništava stanište i negativno utječe na čitav prehrambeni lanac, što dovodi do daljnjeg gubitka vrsta.
Kako se ljudi kreću, sa sobom donose vrste iz drugih područja koje se mogu pustiti u ekosustav. Te se vrste mogu nastaniti i budući da nemaju predatora, postaju vrlo uspješne, nadmetajuće se domaće vrste i mijenjaju dinamiku cjelokupnog ekosustava. Invazivne životinje i biljke na Florida Keysu uključuju ribu lav i gvinejsku travu. Uz sve ove izravne i neizravne lokalne utjecaje, predviđa se da će i zagrijavanje voda utjecati na globalno zagrijavanje područje za 4 do 10 stupnjeva Fahrenheita i podići razinu mora, vjerojatno uzrokujući prebrze promjene da bi ekosustav mogao popravak.