Primarni učinak uništavanja staništa je smanjenje biološke raznolikosti, što se odnosi na raznolikost i obilje različitih vrsta životinja i biljaka u određenom okruženju. Kada životinja izgubi prirodni dom ili stanište potrebno za preživljavanje, njegov broj brzo opada i kreće prema izumiranju. Procjenjuje se da je 14.000 do 35.000 vrsta u opasnosti od izumiranja, a uništavanje staništa jedan je od glavnih uzroka.
Oprašivanje i širenje sjemena
I samoniklo i poljoprivredno bilje ovisi o oprašivanju za reprodukciju. Voće i povrće, ključne komponente ljudske prehrane, ovise o pčelama i drugim insektima da bi prenijeli pelud s cvijeta na cvijet. Kad uništavanje staništa smanji sorte ovih oprašivača, pada i prinos usjeva. Na primjer, pčele bez uboda u Kostariki koje se gnijezde samo u šumama povećavaju prinos u plantažama kave smještenim u blizini šumskih dijelova za 20 posto. Mnoge biljke također se oslanjaju na životinje, posebno one koje jedu voće, za širenje sjemena. Uništavanje staništa životinja ovog tipa može ozbiljno utjecati na biljne vrste koje ovise o njima.
Regulacija klime
Biološka raznolikost utječe na klimu uglavnom regulacijom količine ugljičnog dioksida u atmosferi. Uništavanjem šumskih staništa smanjuje se sposobnost šuma da apsorbiraju ugljični dioksid. Stopa rasta i drvenost biljke određuje brzinu prometa ugljika u njoj. Uzorci krajolika također su važni jer se na rubovima krhotina šuma smanjuje odvajanje ugljika. Morski ekosustavi također igraju značajnu ulogu u sekvestraciji ugljika.
Suzbijanje štetočina i bolesti
Štetnici često ciljaju određene vrste biljaka. Kada su staništa uništena, a biljna raznolikost smanjena, okoliš sadrži više određene vrste biljaka. To olakšava širenje štetnika. Biljna raznolikost osigurava staništa većem broju insekata i drugih životinja te prirodnim neprijateljima štetnika. Gljivične biljne bolesti teže su u područjima monokulture gdje se uzgaja jedna vrsta usjeva.
Neizravni učinci
Proizvodnja hrane, odjeće i skloništa za ljude na mnogo neizravnih načina ovisi o biološkoj raznolikosti ekosustava. Velika raznolikost poljoprivrednih usjeva štiti poljoprivrednike od propadanja usjeva. Uništavanje staništa i smanjenje raznolikosti vrsta mogu ekosustave učiniti osjetljivijima na invazivne vrste i neizravno utjecati na ljudsko zdravlje i dobrobit. Učinak invazivnih vrsta ilustrira ono što se dogodilo kad je bas uveden u jezero Gatun u Panami. Prisutnost basa rezultirala je smanjenjem grabežljivaca ličinki komaraca i povećanjem učestalosti malarije.
