Prijenosni elektronski mikroskop (TEM) i skenirajući elektronski mikroskop (SEM) mikroskopske su metode za pregled izuzetno malih uzoraka. TEM i SEM mogu se usporediti u metodama pripreme uzoraka i primjenama svake tehnologije.
Obje vrste elektronskih mikroskopa bombardiraju uzorak elektronima. TEM je pogodan za proučavanje unutrašnjosti predmeta. Bojenje daje kontrast, a rezanje ultra tanke uzorke za ispitivanje. TEM je vrlo pogodan za ispitivanje virusa, stanica i tkiva.
Uzorci pregledani putem SEM-a zahtijevaju vodljivu prevlaku poput zlata-paladija, ugljika ili platine kako bi sakupili višak elektrona koji bi zasjenili sliku. SEM je vrlo pogodan za pregled površine predmeta kao što su makromolekularni agregati i tkiva.
Elektronska puška stvara struju elektrona koje fokusira kondenzatorska leća. Kondenzirana zraka i odašiljani elektroni fokusiraju se objektivom u sliku na fosfornom ekranu. Tamnija područja slike ukazuju na to da je preneseno manje elektrona i da su ta područja deblja.
Kao i kod TEM-a, elektronska zraka stvara i kondenzira leća. Ovo je leća kursa na SEM-u. Druga leća oblikuje elektrone u tijesnu, tanku zraku. Skup zavojnica skenira zraku na sličan način kao televizija. Treća leća usmjerava snop u željeni dio uzorka. Snop se može zadržavati na određenoj točki. Snop može skenirati cijeli uzorak 30 puta u sekundi.