Za razliku od jezera i ribnjaka, rijeke su otvoreni sustavi, u kojima se događa česta izmjena vode. Unatoč toj činjenici, organizmi koji ovise o rijekama zahtijevaju određenu ravnotežu. Razni pokazatelji daju mjeru kakvoće rijeke. Ova mjerenja uključuju otopljeni kisik, temperaturu i pH, što je mjera koncentracije vodikovih iona.
Skala za mjerenje pH kreće se od 0 do 14 sa 7 ili ispod predstavlja kiselo okruženje, a očitanje preko 7 ukazuje na alkalno okruženje.
Studija objavljena u časopisu Nature izravno je povezala kiselost u norveškim rijekama i jezerima s kiselom kišom, koja je desetkovala lokalne populacije lososa i pastrve.
Niska razina pH uzrokuje ubijanje riba naglašavajući životinjske sustave i uzrokujući fizičku štetu, što ih pak čini osjetljivijima na bolesti.
Ostali vanjski čimbenici koji mogu uzrokovati fluktuacije pH rijeke uključuju poljoprivredni otjecanje, kiseli rudnik drenaža (AWD) i emisije fosilnih goriva kao što je ugljični dioksid, koji stvara slabu kiselinu kada se otopi u rijeci voda.
Ispitivanje razine pH ukazuje na kiselost ili alkalnost uzorka. Rijeke imaju određeni kapacitet da spriječe promjene pH zbog strukture i sastava riječnog korita. Međutim, drastične promjene pH mogu imati štetne učinke na zdravlje rijeka.