Slatkovodni i morski okoliš označavaju primarni prekid u vodenim ekosustavima; morsko okruženje sadrži visoku razinu slanosti (koncentracija soli), dok slatkovodna područja obično sadrže manje od 1 posto. Slatkovodni ekosustavi uključuju bare i jezera, kao i rijeke i potoke. Morski ekosustavi uključuju oceane i koraljne grebene.
Ribnjaci i jezera
Ribnjaci i jezera relativno su mirne vodene površine s malo ili nimalo struje, uglavnom izolirane od drugih vodnih tijela kao što su rijeke i oceani. Podijeljeni su u tri različite zone: primorsku, limnetsku i temeljnu. Primorski pojas čini ono što je najbliže obali. S velikom izloženošću sunčevoj svjetlosti i plitkim vodama, ovo je obično biološki najraznolikije područje u danom jezeru ili ribnjaku, u kojima boravi nekoliko vrsta vodozemaca, vodenih ptica, rakova, insekata, riba i algi, kao i plutajući i ukorijenjeni bilje. Limnetička zona obuhvaća područje jezera / ribnjaka koje je dalje od obale, a najbliže je površini vode. Ovo je područje manje raznoliko od primorskog područja, ali više od temeljnog područja zbog visoke izloženosti suncu. Temeljna zona obuhvaća najdublje područje ribnjaka ili jezera. Profundalnim životom gotovo isključivo dominiraju razgrađujuće bakterije i plankton.
Rijeke i potoci
Rijeke i potoci vodene su vodene vode koje teku iz izvora, poput izvora ili topljenja ledenjak, do ušća, koje bi moglo biti na oceanu, većem potoku ili rijeci ili nekoj drugoj vrsti rezervoar. Kako voda putuje od izvora do usta, okoliš ekosustava drastično se mijenja. Izvor potoka ili rijeke ima najvišu razinu čistoće i sadržaja kisika. Tijekom svoje staze voda koja juri skuplja ostatke u svojoj struji; dok voda stigne do usta, voda postaje mutna. Kao rezultat, malo sunčeve svjetlosti prodire kroz površinu i biljni život je oskudan. Na tim područjima uspijevaju vrste riba poput soma, koje mogu preživjeti u uvjetima slabog kisika.
Oceani
Oceani su neki od najraznolikijih i geografski najprostranijih ekosustava na zemlji. Oceanski ekosustavi podijeljeni su u četiri zone: međuplimna, pelagična, bentoska i ponorna. Podmorska plinska zona obuhvaća regije u kojima se oceanske vode susreću sa kopnom. Ova je zona vrlo dinamična zbog stalnog djelovanja plime i oseke. Općenito je raznolikost vrsta veća u međuplimnim zonama koje su najčešće pod vodom. Slično limnetskoj zoni u jezerima, pelagijska zona obuhvaća otvoreni ocean udaljen od obale, ali još bliže površini vode. U ovom području obitavaju razne vrste riba, vodenih biljaka i većih sisavaca. Bentoske i ponorne zone obuhvaćaju drugo najdublje, odnosno najdublje područje oceana. Zbog ekstremnog pritiska, mraka i hladnih temperatura, ove zone imaju vrlo različite oblike života. Da bi preživjele potpuni nedostatak sunčeve svjetlosti, biljke i bakterije u ponornoj zoni skupljaju kemijsku energiju iz termalnih otvora ispod površine oceanskog dna.
Koraljni grebeni
Ekosustavi koraljnih grebena smješteni su u oceanu; ali zbog svog fizičkog i biološkog sastava vrlo se razlikuju od ostalih morskih ekosustava. Koraljni grebeni stvaraju se u plitkim vodama s toplim temperaturama. Mnogi od ovih ekosustava stvorili su se duž obala kontinenata. Iako se možda čini kao ogromna stijena, koraljni se greben zapravo sastoji od kolonija živih životinja koje se učvršćuju u tvrdu, kalcijevu karbonatnu ljusku. Te kolonije imaju simbiotski odnos sa zooxanthellae, vrstom algi koje oboje žive unutar i osiguravaju hranu koraljima. Iako obuhvaćaju relativno malo područja, koraljni su grebeni jedni od biološki najraznolikijih ekosustava na zemlji. Neizmjerna raznolikost spužvi, rakova, morskih anemona, riba, algi, vodenih biljaka i insekata živi isključivo u ekosustavima koraljnih grebena.
