Kao i većina bioma na Zemlji, ekosustav savane preživljava na osjetljivoj ravnoteži između čimbenika okoliša i raznih vrsta, uključujući ljude. Jaka suša može ovim travnjacima oduzeti životvornu vodu i lišće, dok lovokradice i autohtoni narodi često prijete narušiti mrežu hrane ubijanjem životinja za sport ili opstanak.
Ljudske aktivnosti
Ljudske aktivnosti mogu ozbiljno ugroziti narušavanje ekosustava savane. Neodrživa upotreba vode i metode navodnjavanja mogu potencijalno isušiti rijeke i vodene rupe koje daju život. U regijama u kojima autohtoni ljudi redovito uključuju meso grma - divlje meso -, populacija kopitara opala je primjetnom brzinom. Neke se divlje životinje savane također love kao trofeji; crni nosorozi se posebno love zbog svojih vrijednih rogova. Čak su i neke biljne vrste prekomjerno ubrane zbog svoje komercijalne vrijednosti. Rezbarija izrađena od afričkog crnog drveta, stabla savane, često se prodaje na turističkim tržnicama.
Suša i jaka paša
Dugotrajna, jaka suša ima opasan učinak na ekosustav savane, a obrasci ispaše pogoršavaju taj učinak. Kombinacija jake suše i ispaše može travnjak primarno jestivih, višegodišnjih trava pretvoriti u savanu kojom dominiraju nejestive trave i biljke. Lagano ispašeni travnjaci održavaju kvalitetu ukusnih, višegodišnjih vrsta trava, ali sastav biljnih vrsta i dalje bi mogao biti promijenjen. Stručnjaci su pozvali da rješenja za upravljanje ispašom tijekom epizoda suše utječu na smjer potencijalnih promjena prema održivosti travnjaka.
Dezertifikacija
Tropske savane često graniče sa sušnim, pustinjskim predjelima, a širenje pustinjskih prilika u suha travnjačka područja naziva se dezertifikacija. Ova prijetnja ekosustavu savane uključuje učinke uzrokovane klimatskim promjenama, poljoprivrednim praksama, prekomjernom ispašom, agresivno poljoprivredno navodnjavanje, koje smanjuje razinu vodostaja podalje od korijenja biljaka, krčenja šuma i erozija. Svake godine preko 46 000 četvornih kilometara afričke savane postane pustinja. Sadnja biljaka otpornih na sušu mogla bi stabilizirati pomicanje pješčanih dina i započeti širenje dodatne vegetacije.
Emisije ugljika
Istraživanje iz 2012. pripisalo je veliko povećanje mase drvenastih biljaka "učinku gnojidbe CO2". Autori tvrdio je da je porast brzine rasta drvenastih biljaka uzrokovan porastom atmosferskog ugljika dioksid. Dramatično povećanje količine drveća i grmlja moglo bi ugroziti čitav ekosustav savane, jer ove biljke troše više vode nego trave. Zaštitari prirode u Namibiji izvještavaju da su drvenaste biljke ometale i antilopu i gepardi koji ih love - razvoj događaja koji bi mogao imati nepoznate posljedice po cijeloj Europi travnjaci.