Koraljni grebeni su kalcificirane morske strukture formirane od egzoskeleta koralja i tri glavne vrste biljaka s koraljnim grebenima u interakciji su alge, morske trave i mangrove, s tim da se alge dijele na crvene i zelene sorte. Mnoge od ovih morskih biljaka koriste koraljne grebene. Ekosustavi koraljnih grebena također uključuju širok spektar faune i neki su od najživljih ekosustava na Zemlji.
Crvene alge i koraljni grebeni
Određena vrsta crvenih algi nazvana koralinske alge može imati glavnu ulogu u jačanju stabilnosti koraljnog grebena. Koraline alge talože zaštitni kalcij u svojim staničnim zidovima, a one optočene alge djeluju na cementiranje različitih koralja, poboljšavajući strukturu grebena. Geniculate corallines imaju optočenu strukturu nalik stablu koja je donekle fleksibilna zbog prisutnosti nekih nekalcificiranih područja. Nenheničaste koraline su sporo rastuće kore koje se uz koralje mogu pričvrstiti na stijene, školjke, druge alge i morske trave.
Zelene alge i koraljni grebeni
Zelene alge čine još jednu skupinu morskih biljaka koje su se prilagodile za preživljavanje na koraljnim grebenima. Zapravo, koraljne zelene alge toliko su uspješne u određenim područjima da zapravo postaju prijetnja svojim domaćinima. Kada je odnos koraljnog grebena i zelenih algi u ravnoteži, alge rastu na grebenu i daju hranu ribama na ispaši. Međutim, kada veliki priljev hranjivih sastojaka stigne u obliku obalnih otpadnih voda, zajednica algi postaje prekomjerna, eksplodira u veličini i posljedično smanjuje prisutnost bakterija korisnih za koralje, a istovremeno potiče rast štetnih bakterija.
Morske trave i koraljni grebeni
Kao dio važne ekološke trosmjerne interakcije s koraljnim grebenima i mangrovima, morske trave uspijevaju napredovati na obalnim staništima. Vode zaštićene koraljnim grebenima od oceanskih valova omogućuju morskim travama puštanje korijena, a morske trave zauzvrat sporo dolje i uhvati sedimente, sprječavajući da opterećenje sedimenta u vodi postane previsoko za koralje preživjeti. Livade morske trave mogu sadržavati nekoliko različitih vrsta i dosežu samo dubine koje zahtjevi fotosinteze dopuštaju.
Mangrove i koraljni grebeni
Poput morskih trava, mangrove cvjetaju kao rezultat zaštite od nasilnih oceanskih valova koje nude koraljni grebeni. Mangrove koriste i morskim travama i koraljnim grebenima prvenstveno ublažavanjem erozije obale i sprečavanjem ulaska štetnih količina sedimenta u obalne vode. Šume mangrova djeluju i kao zaštitna zona za otjecanje onečišćenja, posebno kanalizacije bogate hranjivim tvarima koja može poremetiti ekološku ravnotežu sustava koraljnih grebena - livade morske trave - šuma mangrove. Morski korijeni mangrova djeluju i kao kritični rasadnik brojnih obalnih vrsta riba.