Filipini su zemlja bogata biološkom raznolikošću i endemizmom, s mnogim prirodnim resursima koji doprinose gospodarstvu i lokalnim zajednicama. Obalne linije i obalna staništa od posebne su važnosti, jer ribarstvo, poljoprivreda i industrija ovise o vodnim putovima i morskom okolišu zemlje. Prijetnje gubitku staništa i biološke raznolikosti proizlaze iz različitih praksi, uključujući krčenje zemljišta, neodrživi ribolov i zagađenje.
Gubitak šumskog pokrivača
Između 2000. i 2005. Filipini su godišnje gubili nešto više od dva posto šumskog pokrivača. Ovo je bila druga najviša stopa u jugoistočnoj Aziji. Od 2005. godine smatralo se da je ostalo samo tri posto primarne šume. Brza krčenje šuma rezultira raznim prijetnjama ekosustavu, uključujući gubitak biološke raznolikosti, eroziju tla, poplave, klizišta i smanjenu kvalitetu vode. Šume su ugrožene komercijalnim rudarstvom i sječom šuma.
Propadanje koraljnih grebena
Filipini su globalno središte za biološku raznolikost morskih obala. Nelegalno sakupljanje i izvoz koralja i žive grebenske ribe rezultiralo je značajnim štetnim učincima na biološku raznolikost, stanje koraljnih grebena, pokrivač morske trave i brojnost riba. Samo 5 posto grebena zadržava preko 75 posto živih koraljnih pokrivača. Destruktivne prakse ribolova uključuju prekomjerni ribolov, ribolov kočama, dinamit i cijanid, gdje se cijanid otapa u vodi i ubrizgava u grebene, dok druge prijetnje dolaze od onečišćenja i erozija.
Prijetnje mangrovima
Prijetnje mangrovima uključuju prekomjernu berbu, zagađenje i čišćenje zemljišta za poljoprivredu i ljudsko naselje. Uzgoj škampa rezultira gotovo nepovratnom i ekonomski skupom štetom na tom području, što je još zabrinjavajuće jer farme škampa postaju neisplative nakon samo tri do pet godina. Uništavanje mangrova također je povezano s degradacijom koraljnih grebena, jer grebeni štite mangrove od jakih valova i struja koji ispiraju fini sediment na kojem rastu mangrove.
Gubitak biološke raznolikosti
Filipini se smatraju megabioraznovrsnom zemljom. Ima puno jedinstvene flore i faune; zapravo je gotovo polovica njegovih kopnenih kralježnjaka i do 60 posto vaskularnih biljaka jedinstveno za zemlju. Stopa gubitka biološke raznolikosti ogleda se u nekim šokantnim nalazima. Od 2006. godine, nešto više od 20 posto vrsta kralježnjaka ocijenjeno je ugroženima od strane Međunarodne unije za zaštitu prirode. Oko 127 vrsta ptica smatraju se ugroženima, a domaći filipinski kakadu, nekada raširen, sada je kritično ugrožen.