प्रोकैरियोटिक और यूकेरियोटिक कोशिकाओं के बीच कई अंतर हैं। इनमें से कुछ अंतर संरचनात्मक हैं जबकि अन्य प्रक्रियात्मक हैं। प्रोकैरियोट्स और यूकेरियोट्स के बीच काफी भिन्न होने वाली दो प्रक्रियाएं जीन अभिव्यक्ति और इसके विनियमन हैं। दोनों प्रकार की कोशिकाएं डीएनए को एमआरएनए में स्थानांतरित करती हैं, जिसे बाद में पॉलीपेप्टाइड्स में अनुवादित किया जाता है, लेकिन इन प्रक्रियाओं की विशिष्टता भिन्न होती है।
स्थान
प्रोकैरियोट्स में नाभिक और अन्य ऑर्गेनेल की कमी होती है, जो विशिष्ट, झिल्ली से बंधे हुए डिब्बे होते हैं, जबकि यूकेरियोट्स में वे होते हैं। वास्तव में, "यूकेरियोट" शब्द का अर्थ है "सच्चा नाभिक।" यूकेरियोट्स में कोशिका का जीनोम नाभिक में स्थित होता है। प्रतिलेखन इस प्रकार नाभिक में होता है, और बाद में एमआरएनए प्रतिलेख को परमाणु छिद्रों (परमाणु लिफाफे में छिद्र) के माध्यम से अनुवाद के लिए कोशिका द्रव्य में निर्यात किया जाता है। इसके विपरीत, प्रोकैरियोटिक प्रतिलेखन और अनुवाद स्थानिक या अस्थायी रूप से अलग नहीं होते हैं।
प्रतिलेखन की शुरुआत
प्रमोटर तत्व डीएनए के छोटे अनुक्रम होते हैं जो सेल के ट्रांसक्रिप्शनल दीक्षा कारकों से बंधे होते हैं। प्रोकैरियोट्स में तीन प्रमोटर तत्व होते हैं: एक जो जीन के ऊपर की ओर होता है, एक जो इसके नीचे की ओर 10 न्यूक्लियोटाइड होता है और एक जो 35 न्यूक्लियोटाइड डाउनस्ट्रीम होता है। यूकेरियोट्स में प्रमोटर तत्वों का एक बड़ा समूह है, प्राथमिक एक टाटा बॉक्स है। यूकेरियोटिक प्रतिलेखन दीक्षा कारक एक दीक्षा परिसर को इकट्ठा करते हैं, जो दीक्षा के अंत में अलग हो जाता है। प्रोकैरियोटिक प्रतिलेखन दीक्षा कारक एक दीक्षा परिसर को इकट्ठा नहीं करते हैं।
राइबोसोम
राइबोसोम आरएनए और प्रोटीन से बने अनुवाद स्थल हैं जो एक सेल के एमआरएनए और टीआरएनए से जुड़ते हैं। प्रोकैरियोट्स में 70S राइबोसोम होते हैं जबकि यूकेरियोट्स में 80S राइबोसोम होते हैं। "एस" अवसादन गुणांक को संदर्भित करता है, एक कण के आकार, द्रव्यमान और आकार का एक माप। एक 80S राइबोसोम एक 40S सबयूनिट और एक 60S सबयूनिट से बना होता है जबकि एक 70S राइबोसोम में एक 30S सबयूनिट और एक 50S सबयूनिट होता है।
पॉलीसिस्ट्रोनिक mRNA
विभिन्न प्रतिलेखन और अनुवाद मशीनरी होने के अलावा, प्रोकैरियोट्स और यूकेरियोट्स उनके जीन विनियमन में भिन्न होते हैं। यूकेरियोटिक विनियमन बहुत अधिक जटिल है और अक्सर विभिन्न प्रतिक्रिया तंत्र, विकास प्रक्रियाओं और पर्यावरणीय कारकों पर निर्भर करता है। इसके विपरीत, प्रोकैरियोट्स प्रत्येक एंजाइम को अलग से विनियमित करने के बजाय संपूर्ण चयापचय मार्गों को नियंत्रित करते हैं। किसी दिए गए मार्ग के लिए जीवाणु एंजाइम एक कोशिका के डीएनए पर एक दूसरे के निकट होते हैं और एक एमआरएनए में स्थानांतरित होते हैं। इस mRNA को पॉलीसिस्ट्रोनिक mRNA कहा जाता है। जब किसी कोशिका को मार्ग के एंजाइमों की अधिक या कम आवश्यकता होती है, तो यह बस उस मार्ग के mRNA को कम या ज्यादा ट्रांसक्रिप्ट करता है।