एलील एक जीन का संभावित कोडिंग अनुक्रम है। एक आम गलत धारणा या त्रुटिपूर्ण शब्दावली यह है कि विशिष्ट लक्षणों के लिए जीन होते हैं। जीन किसी जीव के विभिन्न लक्षणों को नियंत्रित करते हैं, जैसे बालों का रंग या आंखों का रंग, लेकिन एक लक्षण की वास्तविक अभिव्यक्ति इस बात पर निर्भर करती है कि कौन सा एलील प्रमुख है। उदाहरण के लिए, मनुष्यों में आंखों के रंग के लिए जीन में भूरी आंखों के लिए एक एलील और नीली आंखों के लिए एक एलील, या भूरी आंखों के लिए एक एलील और हरी आंखों के लिए एक एलील हो सकता है। मनुष्य, साथ ही अन्य जीवन रूपों में प्रत्येक गुणसूत्र की दो प्रतियां होती हैं, एलील को स्टोर करने के लिए प्रत्येक जीन की दो प्रतियां भी होती हैं।
एक जीन की दो प्रतियां, प्रत्येक गुणसूत्र पर एक, प्रत्येक में एक एलील होता है। होमोज़ायगोसिटी तब होती है जब दो जीन प्रतियों में एक विशेष फेनोटाइप, या व्यक्त विशेषता के लिए एक ही एलील होता है। हेटेरोज़ायोसिटी तब होती है जब दो एलील अलग होते हैं। फेनोटाइप या तो प्रमुख या पुनरावर्ती हो सकते हैं। यदि एक फेनोटाइप प्रमुख है, तो इसके लिए केवल एक एलील मौजूद होना चाहिए। यदि यह पुनरावर्ती है, तो दोनों युग्मकों को उपस्थित होना होगा।
यूटा राज्य शिक्षा कार्यालय के अनुसार, एक पुनेट वर्ग का उपयोग संभाव्यता का अनुमान लगाने के लिए किया जा सकता है कि दो माता-पिता के एलील लेने और संयोजन करने से संतानों में एक विशेष जीनोटाइप होगा genotype उन्हें। जीनोटाइप फेनोटाइप को प्रभावित करेगा, यह इस बात पर निर्भर करता है कि एलील प्रमुख हैं या पुनरावर्ती। मूल पुनेट वर्ग को चार छोटे वर्गों में विभाजित किया गया है। एक माता-पिता के संभावित जीन शीर्ष दो वर्गों के ऊपर सूचीबद्ध होते हैं, दूसरा इसके बगल में बाईं ओर लंबवत नीचे जाता है। कैपिटल लेटर्स प्रमुख एलील को दर्शाते हैं, और लोअरकेस लेटर्स रिसेसिव एलील्स को दर्शाते हैं। उदाहरण के लिए, भूरी आंखों के लिए एक समयुग्मजी प्रमुख जीन को बीबी के रूप में और विषमयुग्मजी को बीबी के रूप में लिखा जाएगा। एक समयुग्मजी पुनरावर्ती जीन को bb के रूप में लिखा जाएगा। प्रत्येक वर्ग से सटे अक्षरों को लेने पर, बीबी x बीबी क्रॉस के लिए, बीबी जीनोटाइप की संभावना 25 प्रतिशत, बीबी 50 प्रतिशत और बीबी 25 प्रतिशत होगी। विज्ञानकिड्सथॉम डॉट कॉम के अनुसार, फेनोटाइप के संदर्भ में, संतान के पास भूरी आँखें होने की 75 प्रतिशत संभावना है क्योंकि भूरी आँखें एक प्रमुख फेनोटाइप हैं।