कंबोडिया में दुनिया में वनों की कटाई की तीसरी सबसे बड़ी दर है, जो लकड़ी की फसल के साथ-साथ कृषि के लिए स्पष्ट कटाई से प्रेरित है। वनों की कटाई आवासों को नष्ट कर देती है और नाजुक उष्णकटिबंधीय मिट्टी के संतुलन को बाधित करती है। पेड़ों के बिना मिट्टी को जगह में रखने और पत्ती कूड़े के साथ कार्बनिक पदार्थों की भरपाई करने से, मिट्टी जल्दी से नष्ट हो जाती है और खेती के पहले कुछ वर्षों में अपनी अधिकांश उर्वरता खो देती है।
कंबोडिया के तटीय पारिस्थितिक तंत्र, जिनमें से कई मैंग्रोव वन हैं जो मछलियों के लिए महत्वपूर्ण स्पॉनिंग ग्राउंड प्रदान करते हैं और बाढ़ से सुरक्षा प्रदान करते हैं, कई कारकों से खतरा है। तटीय पारिस्थितिक तंत्र हाल ही में वनों की कटाई वाले अंतर्देशीय क्षेत्रों से धुले हुए तलछट से प्रभावित हो रहे हैं। इन पानी में खतरनाक कीटनाशक और उर्वरक भी होते हैं। खराब विनियमित झींगा खेतों के कारण मैंग्रोव साफ हो जाते हैं और अतिरिक्त पोषक तत्व पानी में छोड़ देते हैं, जिसके परिणामस्वरूप शैवाल की अतिवृद्धि होती है और पारिस्थितिकी तंत्र में व्यवधान होता है।
जैसे-जैसे कंबोडिया का औद्योगीकरण होता है, लोग शहरी क्षेत्रों में आते जाते हैं, जो स्वच्छता के बुनियादी ढांचे को बनाए रखने के लिए बहुत तेजी से बढ़ रहे हैं। कई क्षेत्रों में कोई सीवर सिस्टम नहीं है, या वे सबसे अच्छे रूप में खराब हैं। कई शहरी क्षेत्रों में सीवेज और औद्योगिक अपशिष्ट भूजल और सतही जल को दूषित कर रहे हैं। खतरनाक ठोस कचरा अक्सर लैंडफिल खोलने के लिए अपना रास्ता खोज लेता है जहां यह भूजल में मिल सकता है या हवा से उड़ा सकता है।
