Au 19ème siècle, la taxonomie - la classification des organismes vivants - était à la mode en biologie. Les naturalistes amateurs et professionnels étaient tellement pris dans l'engouement pour la collecte et l'identification des créatures, que les coléoptères rares étaient des produits recherchés. À l'époque, on savait peu de choses sur les micro-organismes et leur place dans le monde du vivant, et la classification de la microbiologie n'a pas reçu autant d'attention. Les décennies qui ont suivi ont vu une augmentation spectaculaire de la connaissance des microbes et des méthodes de l'identification des micro-organismes, une partie de cette augmentation étant démontrée par la classification efficace des micro-organismes.
Composants de la taxonomie
La taxonomie a trois composantes: la nomenclature, la classification et l'identification. La nomenclature consiste simplement à attribuer un nom à une espèce. La classification regroupe les espèces en fonction de caractéristiques communes, dont certaines sont physiques et d'autres biochimiques. L'identification utilise les caractéristiques d'un organisme pour déterminer sa place dans un schéma de classification. Le schéma taxonomique moderne a comme groupe le plus grand et le plus inclusif, les domaines. Le plus petit groupe est l'espèce. Du plus inclusif au plus spécifique, les niveaux se déroulent ainsi: domaine, royaume, embranchement, classe, ordre, famille, genre et espèce. Vous êtes par exemple Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Micro-organismes et domaines
Les micro-organismes sont extrêmement divers. Ils ne sont pas définis par un type particulier de structure ou de fonction, mais simplement par leur taille. Les micro-organismes sont si divers qu'ils entrent dans les trois différentes classifications de haut niveau - les trois domaines. Un domaine est les bactéries, l'autre est les archées et le dernier est eucarya. Tous les membres des domaines des bactéries et des archées sont des micro-organismes unicellulaires. Ce sont toutes deux des cellules sans membrane séparant leur matériel génétique du reste de la cellule - des membranes qui définissent un noyau. Ainsi, tous les règnes, phylums, classes, ordres, familles, genres et espèces au sein des domaines des bactéries et des archées sont des micro-organismes.
Protistes unicellulaires
Les eucaryas sont des organismes dont les cellules contiennent un noyau. De nombreux organismes eucaryotes sont des micro-organismes unicellulaires, mais beaucoup d'autres, comme les séquoias ou vous, ne le sont pas. Des classifications supplémentaires sont donc nécessaires. Le royaume Protista au sein du domaine Eukarya est composé uniquement de micro-organismes unicellulaires. Les protistes sont séparés en trois groupes de phylums différents: quatre phylums d'algues différents, quatre phylums de protozoaires différents et deux phylums de moisissures différents. Mais tous les organismes au sein de ces phylums - tous dans le royaume Protista - sont des micro-organismes.
Champignons microscopiques
Le royaume Fungi est contenu dans le domaine Eukarya. Certains des phylums des champignons contiennent des micro-organismes. Par exemple, le phylum Zygomycota contient des moisissures de pain microscopiques, et le phylum Ascomycota contient des levures, des parasites et des parasites des cultures microbiens. Les lichens sont un assemblage symbiotique d'un champignon et d'un organisme photosynthétique - contenus en partie dans le royaume des champignons et en partie dans d'autres royaumes, voire d'autres domaines.