Toutes les formes de vie connues de l'humanité appartiennent à un soi-disant « royaume », mais il n'est pas toujours facile de savoir pourquoi une forme de vie appartient à un royaume donné et pas à un autre. Les royaumes Protista et Monera contiennent tous deux des formes de vie unicellulaires, mais ils sont distincts les uns des autres.
Une différence majeure entre les monérans et les protistes réside dans le noyau, qui est le "centre de commandement" d'une cellule. Les monerans n'ont pas de véritable noyau, tandis que les protistes ont des noyaux liés dans leurs propres membranes nucléaires. Les scientifiques classent les organismes avec de vrais noyaux comme eucaryotes et les organismes sans eux comme procaryotes.
Au-delà de l'inclusion d'un véritable noyau, les protistes sont plus complexes sur le plan organisationnel que les monérans. Les protistes présentent des caractéristiques appelées organites qui ont divers emplois dans la cellule et peuvent présenter des méthodes de mouvement visibles. Les monerans n'ont pas ce type de fonctionnalités.
La taille des différentes espèces au sein de chaque royaume varie, mais les protistes sont généralement plus gros que les monérans. Les protistes sont parfois visibles même avec seulement une loupe. Les Monerans sont généralement beaucoup plus petits que cela. Cependant, les bactéries bleu-vert, qui appartiennent à la monera, sont plus grosses.