La différence la plus importante entre les spores de moisissures et les endospores bactériennes est peut-être que les moisissures sont classées comme des champignons supérieurs. En tant que telles, elles présentent ce que les biologistes appellent le type de cellule eucaryote. D'autre part, les endospores bactériennes se forment à partir de bactéries qui sont, en tant que groupe, classées comme ayant le type de cellule procaryote. La différence entre la cellule procaryote et la cellule eucaryote est fondamentale en biologie. En termes simples, la cellule bactérienne est structurellement beaucoup plus simple.
La cellule eucaryote, comme celles des spores de moisissure, est remplie d'un complexe de structures cellulaires appelées organites. Les organites remplissent toutes sortes de fonctions cellulaires et l'un des organites les plus visibles est le noyau. Le noyau des cellules eucaryotes des spores de moisissures contient l'ADN qui permet à la cellule de fonctionner et de se reproduire. Ceci contraste avec les endospores bactériennes dans lesquelles l'ADN est plus ou moins libre dans le cytoplasme de la cellule.
Outre le noyau, la cellule de spores de moisissures eucaryotes contient des organites tels que le réticulum endoplasmique ou RE. Le RE est essentiellement comme un labyrinthe de membranes repliées dans lequel de nombreux processus biochimiques vitaux pour la cellule sont effectués. Dans les spores de moisissure, le RE est connecté à l'enveloppe nucléaire, une membrane qui entoure le noyau cellulaire. Dans les endospores bactériennes, cet arrangement fait défaut.
Les endospores bactériennes ne présentent pratiquement aucun du niveau de sophistication cellulaire présent dans les spores de moisissures eucaryotes. Une autre distinction entre les endospores bactériennes et les spores de moisissures, outre leur différence fondamentale de type cellulaire, est le rôle qu'elles jouent dans l'histoire de vie de leurs organismes respectifs. Une endospore bactérienne est une structure résistante qui se forme dans la cellule d'une bactérie. Contrairement aux spores de moisissures, l'endospore bactérienne est spécialement adaptée pour résister aux conditions environnementales défavorables. Une caractéristique clé des endospores bactériennes est un composé appelé acide dipicolinique. Ce composé, bien que non répandu dans les spores de moisissures, joue un rôle dans la médiation de la résistance des endospores bactériennes aux conditions environnementales défavorables.
Il existe de nombreuses autres différences entre les endospores bactériennes et les spores de moisissures. La plupart d'entre eux ont, encore une fois, à voir avec la distinction fondamentale entre la cellule eucaryote et la cellule procaryote. De nombreux autres organites en plus de ceux déjà décrits sont présents dans la spore de moisissure mais absents dans l'endospore bactérienne. Ceux-ci incluent une structure appelée appareil de Golgi et d'autres comme le soi-disant nucléole. Le nucléole est une structure au sein du noyau des cellules eucaryotes et est actif dans la synthèse des protéines essentielles à la fonction cellulaire. Les endospores bactériennes remplissent bon nombre des mêmes fonctions vitales essentielles que les spores de moisissures, mais elles le font sans les avantages des organites sophistiqués présents dans la spore de moisissure.