Les lynx roux sont des prédateurs, mais cela ne veut pas dire qu'ils n'ont pas d'ennemis. L'une des raisons pour lesquelles les lynx roux sont nerveux avec les gens est qu'ils ont le rôle de proie ainsi que de chasseur. Mesurant 2 à 3 pieds de long, les lynx roux sont suffisamment petits pour être menacés par d'autres carnivores tels que les coyotes. Les chatons Bobcat en particulier sont une proie potentielle pour de nombreux prédateurs. En raison des menaces auxquelles les lynx roux sont confrontés, l'âge maximum dans la nature est d'environ 12 ans et la moyenne est d'environ 6 ans. En captivité, sans aucune menace, un lynx roux peut vivre jusqu'à 30 ans ou plus.
Les faucons, les aigles et les hiboux peuvent tous prendre et prendront des chatons lynx ou des juvéniles. Les mères restent avec leurs chatons jusqu'à ce que leur progéniture puisse se débrouiller toute seule. Cependant, il y a des moments où un faucon opportuniste pourrait attraper un chaton lynx. Les oiseaux de proie ne représentent pas un danger important pour les lynx roux, mais constituent une menace possible.
D'autres carnivores, notamment les coyotes, les pêcheurs, les couguars, les loups et les lynx, sont dangereux pour les lynx roux, en particulier leurs chatons. Ils rivalisent également avec les lynx roux, et lorsque la nourriture est rare, les lynx roux peuvent s'en passer. La mortalité juvénile est directement liée à l'approvisionnement alimentaire, et en période de pénurie alimentaire, de nombreux chatons lynx meurent. Les porcs-épics sont des proies, mais peuvent causer des dommages aux lynx roux avec des épines venimeuses.
Les mammifères les plus dangereux pour les lynx roux sont bien sûr les humains. Les trappeurs et les chasseurs ciblent les lynx roux pour leur fourrure. En fait, en 2011, les peaux de lynx roux et de lynx représentaient au moins la moitié de toutes les fourrures de chat échangées dans le monde. Dans certaines régions des États-Unis, les humains ont complètement éliminé les lynx roux; à la fois délibérément par le piégeage pour la fourrure ou la persécution délibérée et accidentellement par la destruction de l'habitat.
Les véritables ennemis naturels des lynx roux ne sont pas d'autres prédateurs mais des micro-organismes beaucoup plus petits. Comme la plupart des autres animaux, les lynx roux sont vulnérables à toute une gamme d'infections et de maladies, notamment la rage et la maladie de Carré félin. Après l'homme, les principales menaces pesant sur les lynx roux adultes semblent être les maladies et les parasites.