Bakteerit ovat pieniä, yksisoluisia organismeja, jotka ovat sekä hyödyllisiä että haitallisia ihmisille. Jotkut bakteerimuodot auttavat meitä elämään, kuten ne, jotka auttavat hajottamaan ruokaa suolistossa. Muut muodot, kuten bakteeriruton aiheuttavat bakteerit, voivat tappaa ihmisen, jos sitä ei hoideta. Bakteereja on monia erilaisia, ja ne hengittävät eri menetelmillä. Kaksi ensisijaista bakteerihengityksen menetelmää ovat aerobinen hengitys ja anaerobinen hengitys.
Aerobisesti hengittävät bakteerimuodot edellyttävät happea elääkseen. He käyttävät happea polttoaineena energian polttamiseen ja elämän tarvitseman energian tarjoamiseen. Tämän tyyppinen bakteerihengitys on samanlaista kuin ihmiset käyttävät, tästä johtuen termi "aerobinen liikunta". Bakteerien aerobisen hengityksen suurin sivutuote on hiilidioksidi.
Monen tyyppiset bakteerit hengittävät anaerobisesti. Toisin sanoen he voivat käydä läpi hengitysprosessin ilman happea. Sen sijaan, että käyttäisivät happea auttaakseen heitä polttamaan ruoassaan olevaa energiaa, tämäntyyppiset bakteerit käyttävät muita luonnossa esiintyviä kemikaaleja kemiallisten reaktioiden luomiseen ja tarvittavan energian vapauttamiseen. Yleisiä luonnollisesti esiintyviä kemikaaleja, joita käytetään, ovat nitraatit, sulfaatit ja hiilidioksidi. Anaerobinen hengitys bakteereissa luo yleensä monia sivutuotteita. Monet näistä sivutuotteista voivat olla myrkyllisiä tai vaarallisia ihmisille ja sisältävät etanolia ja vetyä.