Geneettisesti muokatut kasvit sisältävät maissin, puuvillan ja perunoiden lajikkeita. Näillä kasveilla on Bacillus thuringiensis -bakteerigeeni (Bt) insertoitu niiden genomiin. Bt-geeni koodaa toksiinin synteesiä, joka tappaa hyönteisten toukat. Muut kasvit on muunnettu geneettisesti kestämään tiettyä rikkakasvien torjunta-ainetta. Vaikka nämä viljelykasvit voivat ruokkia maailman kasvavaa väestöä, ne aiheuttavat myös vakavia riskejä organismien luonnolliselle monimuotoisuudelle tai biologiselle monimuotoisuudelle.
Rikkakasvien torjunta
Rikkakasvien torjunta-aineet ovat myrkyllisiä monille lajeille. Kun rikkakasvien torjunta-ainetta levitetään kaikkialle maatalousmaisemaan, haitalliset kemikaalit pääsevät luonnollisiin ekosysteemeihin. Monet uskovat, että rikkakasvien torjunta-aineille vastustuskykyiset kasvit kannustavat rikkakasvien torjunta-aineiden lisääntyneeseen käyttöön, ja kun käytetään enemmän rikkakasvien torjunta-aineita, vieläkin enemmän kemikaaleja päätyy luonnollisiin järjestelmiin. Nämä kemikaalit tappavat kotoperäisiä kasveja, jotka ruokkivat eläimiä ja sairastavat sammakkoeläimiä, aiheuttaen biologisen monimuotoisuuden vähenemistä.
Ulos ylitys
Kun geneettisesti muunnettujen viljelykasvien geenit pääsevät ympäristöön, ne voivat häiritä luonnollisia kasviyhteisöjä, uhata biologista monimuotoisuutta ja päästä ihmisten ravintoon. Syyskuussa 2000 StarLink, erilaisia ihmisravinnoksi hyväksymättömiä Bt-maissia, löydettiin takosuojista Yhdysvalloissa. Seuraavien kuukausien aikana StarLink löydettiin myös erilaisista kelta-maissituotteista, jotkut maan ulkopuolella. Aluksi joidenkin viljelijöiden epäiltiin jättäneen huomiotta sopimukset olla myymättä StarLinkiä myllyille. Viljelijöiden haastattelut paljastivat kuitenkin, että monet eivät joko olleet saaneet selkeitä ohjeita siitä ei myydä StarLinkiä myllyille tai heille kerrottiin, että hyväksymätön lajike hyväksytään sadonkorjuun yhteydessä aika. Tarkat kohdat, joissa StarLink saapui syöttölinjaan, ovat tuntemattomia, ja Cornell Cooperative Extensionin Geneettisesti muokattujen organismien julkisten asioiden koulutusprojekti, se on saattanut tiensä yli puoleen Yhdysvaltain maissista tarvikkeet.
Rikkakasvien torjunta
Viljelylajien alkuperäalueet ovat erityisen alttiita ylittymiselle paikallisten lajikkeiden kanssa. Meksikossa, jossa on yli 100 ainutlaatuista maissilajiketta, geneettisesti muunnettu maissi on kielletty. Kiellosta huolimatta geenitekniikalla valmistetun maissin geenejä on löydetty Meksikon maissista. Kasvigeneetikot U.C. Riverside on osoittanut, että geenivirta monista perinteisesti kasvatetuista viljelykasveista lisää rikkakasvien esiintymistä luonnonvaraisissa sukulaisissa, ja harvoissa tapauksissa satokasveista on tullut rikkaruohot. Rikkaruohojen lisääntyminen on huolenaihe, kun geneettisesti muunnetut kasvit pystyvät kilpailemaan muita lajeja paremmin tuottamalla enemmän siemeniä, levittämällä siitepölyä tai siemeniä edelleen tai kasvamalla voimakkaammin spesifisissä ympäristöissä. Siirtogeeniset auringonkukat voivat tuottaa 50 prosenttia enemmän siemeniä kuin perinteiset kollegansa ja jotkut tutkijat ovat huolissaan siitä, että geneettisesti muunnetut kasvit voivat vähitellen syrjäyttää arvokkaan geneettisen monimuotoisuus.
Bt toksiini
Geenitekniikan muokkaamien kasvien tuottamat toksiinit uhkaavat biologista monimuotoisuutta, ja Sierra Clubin mukaan geenitekniikkaa tulisi pitää ympäristölle vaarallisena. Cornellin yliopiston tutkimus osoittaa, että Bt-toksiini tappaa hyödyllisten, muiden kuin kohdelajien, kuten koiden ja perhosten, toukat. Vastaavat tutkimukset viittaavat muiden hyödyllisten lajien, mukaan lukien lacewings ja leppäkertut, vähenemiseen. Toksiini jatkuu myös Bt-maissin juuristoissa ja kasvijäämissä kauan sen jälkeen, kun sadot on korjattu ja voi olla haitallisia seurauksia miljoonille maaperässä eläville ja sen ylläpitäville mikro-organismeille hedelmällisyys. Kun Bt-toksiini sitoutuu maaperän hiukkasiin, se voi kestää kaksi tai kolme kuukautta. Tällä voi olla kielteisiä vaikutuksia vesi- ja maaperän selkärangattomiin sekä bakteerilajeissa esiintyviin ravinteiden kiertoon.