Kloonaus on kuuma eettinen kysymys tiedeyhteisössä, mutta bakteerit kloonaavat itsensä koko ajan. Binaarisiksi fissioiksi kutsutun prosessin aikana yksi bakteeri kaksinkertaistaa koonsa ja geneettisen materiaalinsa ja jakautuu sitten tuottamaan kaksi identtistä solua.
Eukaryoottisolujen jakautumiseen tai mitoosiin verrattuna binaarifissio on suhteellisen yksinkertainen prosessi. Ensinnäkin bakteeri kopioi DNA: nsa - geneettisen materiaalin, joka bakteereissa on pyöreä. DNA antaa kaikki tarvittavat tiedot identtisen solun luomiseksi. Sitten DNA erotetaan solun vastakkaisista päistä, ja solujen jakautumiseen tarvittavat proteiinit kokoontuvat solun keskelle. Bakteeri yleensä kaksinkertaistaa myös solunsisäisen nesteensä, jota kutsutaan sytoplasmaksi. Proteiinit pilkkovat solun kahtia, ja useimmissa bakteereissa uusi soluseinä rakennetaan jakautumisen täydentämiseksi.
Binaarifissioiden etuna bakteerien näkökulmasta on, että se on nopea ja yksinkertainen. Taudintorjunnan ja ehkäisyn näkökulmasta binäärifissio on edullista, koska se yksinkertaistaa lääketuotantoa. Bakteeri-infektion hoitoon tarvitaan tyypillisesti vain yhtä lääkettä, koska kaikki bakteerit ovat identtisiä ja reagoivat samalla tavalla. Valitettavasti jotkut bakteerit kehittävät kuitenkin lääkeresistenssiä mutaation kautta, mikä tekee infektioista paljon vaikeampia hoitaa.