Geelielektroforeesi on tekniikka, jonka avulla DNA voidaan analysoida sen sisältämien molekyylien tasolla. Tässä DNA-visualisointimenetelmässä näytteet asetetaan agaroosigeeliväliaineelle ja sähkökenttä kohdistetaan geeliin. Tämä saa DNA-fragmentit kulkeutumaan geelin läpi eri nopeuksilla niiden sähkökemiallisten ominaisuuksien mukaisesti.
Etidiumbromidi
Tätä visualisointitekniikkaa varten etidiumbromidi sekoitetaan agaroosijauheen, EDTA-puskurin ja veden kanssa geelimatriisin muodostamiseksi ennen elektroforeesia. Tämän seurauksena etidiumbromidimolekyylit leviävät tasaisesti matriisiin. Kun geelin kuopat on täytetty vastaavilla DNA-näytteillä ja jäljitysväreillä, käytetään jännitettä suurten, polaaristen yhdisteiden vetämiseksi hitaasti matriisin läpi.
Tämän liikkeen aikana DNA-molekyylien emäkset sitoutuvat väliaikaisesti partikkeleihin etidiumbromidipanoksen ansiosta vetämällä niitä eteenpäin. Geelielektroforeesin päättyessä kukin DNA-molekyyli on kerännyt merkittävän määrän etidiumbromidia.
Etidiumbromidilla on fluoresenssi ultraviolettivalon läsnäollessa. Teknikot loistavat erityisen kalibroidun UV-valon geelin yli, kun kone sieppaa kuvan hehkuvista fragmenteista.
Metyleenisininen
Jos UV-läpivalaisinta ei ole saatavana tai se on käytännöllistä, teknikot voivat tehdä DNA: n näkyväksi normaaleissa olosuhteissa liottamalla valmis agaroosigeeli, jossa on elektroforeesittua DNA: ta, metyleenisinisessä liuoksessa yön yli.
Kloridisuola, jossa on huomattavan hydrofobinen anioni, metyleenisiniset molekyylit, tunkeutuvat koko geelimatriisiin. Vedyn sitoutuminen koko DNA: ssa saa kuitenkin värimolekyylit kerääntymään. Tämä lisääntynyt DNA-värjäytymistiheys tuottaa syvemmän sinisen sävyn, joka näkyy paljaalla silmällä.
Väriaineiden seuranta
DNA-vyöhykkeiden suhteellisen koon lisäksi teknikot voivat mitata kunkin fragmentin absoluuttisen koon (emäsparina) käyttämällä kemikaaleja, joita kutsutaan jäljitysväreiksi. Näkyvä ilman metyleenisinistä tai etidiumbromidia, seurantavärit, kuten bromifenolisininen ja ksyleenisyanoli, liikkuvat aragoosigeelimatriisit elektroforeesin aikana samalla nopeudella kuin 300 nukleotidia ja 4000 nukleotidia sisältävät DNA-fragmentit, vastaavasti. Elektroforeesissa massiivisemmat DNA-fragmentit kulkevat geelimatriisin läpi hitaammin kuin pienemmät fragmentit. Siksi, vaikka seurantavärit eivät vaikuta suoraan DNA-fragmenttien näkyvyyteen, verrataan DNA-fragmenttien sijaintia geelissä näiden väriaineiden asentoon, teknikot voivat "nähdä" DNA-fragmentin likimääräisen määrän nukleotideja sisältää.