Tutkijoilla oli tapana kerätä protisteja yhteen valtakuntaan, ja he käyttävät edelleen tätä luokitusta joihinkin tarkoituksiin. Tiede on kuitenkin pitkälti tunnustanut, että Kingdom Protista -nimiseen taksonomiseen ryhmittymään kuuluu todella laaja valikoima organismeja, jotka eivät ole erityisen sukulaisia. Biologit ovat parhaillaan tarkistamassa luokitustaan vastaamaan evoluutiosuhteita tämän massiivisen organismijoukon välillä.
TL; DR (liian pitkä; Ei lukenut)
Biologeilla oli tapana luokitella kaikki protistit osaksi Kingdom Protistaa, mutta melkein jokaisella niiden kuvaamiseen käytetyllä säännöllä on jokin merkittävä poikkeus. He yrittävät nyt tarkistaa organismien luokittelua tässä valtakunnassa. Jotkut tutkijat ovat yrittäneet lajitella protisteja verrattuna kolmeen muuhun valtakuntaan: kasveihin, eläimiin ja sieniin. Tämä ei ole toiminut, koska monilla protisteilla on ominaisuuksia kahdesta tai useammasta näistä valtakunnista. Nykyiset luokitusyritykset keskittyvät protistien ryhmittelemiseen kolmen ja kymmenen valtakunnan välillä, perustuen lajien yhteisiin evoluutio-esi-isiin.
Hämmästyttävä monimuotoisuus
Protisteilla on huomattava monimuotoisuus. Lähes jokaisella säännöllä, jota käytetään niiden kuvaamiseen, on jokin suuri poikkeus. Jotkut protistit elävät loisina, toiset saalistajina ja toiset tuottajina. Joillakin on jäykät soluseinät, kun taas toisilla on joustavammat solukalvot. Heidän liikkumismenetelmiinsä kuuluvat passiivinen ajelehtiminen, uinti flagellan kanssa, uinti silmien kanssa ja hiipiminen yhdessä pseudopodien kanssa. Jopa tiettyjä hyvin perustekijöitä, joita on käytetty ryhmän määrittelemiseen, kuten ytimien ja mitokondrioiden läsnäolo, joko ei ole tai ne saavat outoja muotoja joissakin protisteissa.
Valtakunnan rajat
Tutkijat ovat yrittäneet luokitella organismit protisteihin joko kasvien, sienien tai eläinten kaltaisiksi. Geneettinen testaus ja tarkka tutkimus ovat kuitenkin paljastaneet, että nämäkin kategoriat eivät usein kestä. Esimerkiksi Euglenalla on sekä kasvien että eläinten kaltaisten protistien ominaisuuksia. Euglenalla on kloroplasteja kuten kasveja siinä mielessä, että kloroplastit antavat heille mahdollisuuden saada energiaa auringosta fotosynteesin avulla. Samaan aikaan heillä on pyrstö tai lippu, jota he käyttävät uidessaan, mikä tekee niistä liikkuvan, erittäin eläinmainen ominaisuus. Monilla muilla protisteilla on myös ominaisuuksia, jotka vaikeuttavat niiden kaikkien pitämistä yhdessä ryhmässä tai alaryhmässä.
Lajitteluyritykset
Tutkijat ovat alkaneet käyttää uusia kriteerejä protistien lajittelussa. Itse asiassa protistit voidaan jakaa kolmeen ja kymmeneen ehdotettuun valtakuntaan sen mukaan, mitkä tutkijat tekevät lajittelua. Tutkijat yrittävät luoda näitä ryhmiä evoluutioiden perusteella. Valtakuntien muodostamisen tavoitteena on ryhmitellä kaikki jälkeläiset yhdestä esi-isästä yhteen ryhmään.
Ei täydellistä sääntöä
Protistien kohtelu yhtenä ryhmänä voi toimia tietyillä biologian alueilla. Esimerkiksi lääketieteessä ei ehkä ole väliä, mikä tietty protistikunta aiheuttaa infektion potilaalla, jos kaikkien protistitartuntojen hoito on sama. Ainoa todellinen vakiosääntö on, että kaikki protistit ovat eukaryootteja, mikä tarkoittaa, että ne ovat organismeja, joilla on monimutkaisempia soluja kuin bakteereja. Useimmilla protisteilla on yksi riippumaton solu, vaikka jotkut merilevät rikkovat tätä sääntöä. Suurimmalla osalla protisteista on yksi määritelty ydin, joka pitää sisällään suurimman osan DNA: sta, vaikka joillakin siliaateilla on useita ytimiä ja flagellaateilla ei ole määriteltyä ydintä. Ryhmänä on vaikea löytää määritelmää, joka kuvaa kaikkia protisteja täydellisesti.