Sammakkoeläinten lisääntymisellä on enemmän yhteistä kalojen kuin nisäkkäiden tai jopa matelijoiden lisääntymisellä. Vaikka kaikki nämä eläimet lisääntyvät seksuaalisesti (eli laji koostuu miehistä ja naisista, ja pariutumiseen liittyy hedelmöittymistä siittiöiden munat), matelijat ja nisäkkäät lisääntyvät sisäisen hedelmöityksen kautta (naaraspuoliset), kun taas sammakkoeläimet harjoittavat ulkoista lannoitus.
Sammakkoeläinten pariutumisen on melkein aina tapahduttava makeassa vedessä. Se koostuu urospuolisen ja naaraspuolisen sammakon liittymisestä, ja tällä hetkellä naaras munii munia, kun uros vapauttaa siittiöitä. Molemmat vanhemmat jättävät hedelmöitetyt munat yksin. Kuoriutuvat nuoret selviävät itsestään.
Sammakkoeläinten munat on suojattu hyytelömäisellä aineella ennen kuoriutumista, toisin kuin matelijoiden ja lintujen kovat tai puolikovat kuoret.
Joitakin sademetsä sammakkoeläimiä lukuun ottamatta sammakkoeläimiä ei haudota vanhempiensa pieniksi kopioiksi. Sen sijaan he käyvät läpi elämänvaiheen tadpoleina, jotka ovat kalamaisia ja joilla on vettä hengittäviä kiduksia ja eviä. Nämä ominaisuudet lopulta irtoavat ja korvataan ilmaa hengittävillä keuhkoilla ja jaloilla, kun tadpole kehittyy nuoreksi aikuiseksi.