Massachusettsin kotoperäiset nisäkkäät ovat yhtä monipuolisia kuin tämän kauniin valtion koillisosassa Yhdysvaltojen koillisosassa. Helmikuusta 2009 Massachusettsin kalastus- ja villieläinjaosto totesi, että osavaltiossa oli mahdollisesti 60 alkuperäistä nisäkästä. Tämä luku ei sisällä kymmeniä muita lajeja, jotka ovat vaeltavia tai jotka on tuotu Massachusettsiin. Osavaltiossa olevat alkuperäiset nisäkkäät ovat kaikki istukkaa ja ne voidaan luokitella niiden suosimien maa- tai merialueiden mukaan.
Woodland nisäkkäät
Massachusettsin metsämaat koostuvat sekametsistä, joissa on pääasiassa havu- tai lehtipuita. Kotoperäisiin nisäkkäisiin, jotka suosivat havupuualueita, kuuluvat punaiset ja lentävät oravat, lumikenkäjänikset, hirvet ja kalastajat. Opossumit, harmaat oravat, pikkuoravat, peurashiiret, punaiset ja harmaat ketut, valkohäntäpeura, piikkisika ja useat lepakot ovat usein lehtipuistoalueilla. Kojootit suosivat pensaikkoja kuorintapaikkoja. Mustakarhuissa esiintyy usein sekä havupuita että lehtipuita. Vaikka ihmiset pelkäävätkin heitä, he eivät yleensä hyökkää ihmisiin, vaan mieluummin pakenevat metsään.
Nurmen nisäkkäät
Massachusettsin nurmialueisiin kuuluvat pellot, niityt ja viljelysmaat. Niittyjen elinympäristöjä suosiviin alkuperäisiin nisäkkäisiin kuuluvat myyrät, skunksit, puuvillakanit, myyrät ja puuhaukat. Ruohoalueita suosivat syntyperäiset nisäkkäät esiintyvät usein nurmikoilla ja esikaupunkien takapihoilla, ja niitä pidetään yleensä tuholaisina. Puuvillasäiliöiden määrä vähenee niiden suosimien elinympäristöjen, kuten viljelymaan ja laitumien, vähenemisen vuoksi osavaltiossa.
Kosteikkojen nisäkkäät
Suot, suot, vuorovesi-rannat, märät niityt ja suot ovat tyypillisiä Massachusettsin kosteikkoalueille. Kosteikkoalueita on koko osavaltiossa. Joitakin kotoperäisiä nisäkkäitä, jotka sisältävät kosteikkoja suosittujen elinympäristöjensä joukossa, ovat myskit, ermine, kääpiöt, hyppyhiiret, lemmingit ja bobcats. Muiden elinympäristöjen joukossa lemmingit suosivat usein karpalosuot. Bobcats vaeltaa metsäisillä ja pensaikkialueilla sekä suolla maastossa peltojen lähellä. Ne ovat ainoa villikissa, joka löytyy tällä hetkellä Massachusettsista ja ovat hyvin ujo ja vaikeasti saavutettavissa.
Joki, lampi ja nisäkäsjärvi
Massachusettsissa on monia kaikenkokoisia jokia, lampia ja järviä. Alkuperäisiä nisäkkäitä, jotka nauttivat eniten näistä elinympäristöistä, ovat minkit, jokisaukot ja majavat. Lumikat käyttävät usein erilaisia elinympäristöjä, mutta haluavat olla lähellä vettä. Jokisaukkoja esiintyy pääasiassa veden lähellä, mutta ne kulkevat joskus kauas metsäisillä alueilla. Majavat rakentavat patoja ja majataloja, joissa on useita sisäänkäyntejä makeanveden alueille, kuten lampi, joki ja järvi.
Merinisäkkäät
Massachusettsin Atlantin rannikolla on lukuisia satamia ja poukamia. Alkuperäisillä nisäkkäillä näillä vesillä on kirjohylkeitä, pyöriäisiä ja useita delfiinilajeja. Massachusettsin edustalla ulkosatamissa ja Atlantin rannikkovesillä on monia valalajeja, mukaan lukien tappaja-, beluga- ja koevalaat. Näissä vesissä havaittuja uhanalaisia valaita ovat ryhä, evä, siittiöt ja pohjoiset oikeat valaat.
