Meriekosysteemi on vakavassa stressissä; monilla alueilla elämän ylläpitämiseen tarvittavat olosuhteet ovat joko vaarassa tai olemattomat. Meren elinympäristöjen tuhoaminen on erityisen yleistä rannikoilla, joilla ihmispopulaatio on lisääntynyt. Elinympäristön menetys, saastuminen, liikakalastus, tuhoavat kalastuskäytännöt ja ilmaston lämpeneminen kaikki heikentävät meriympäristöä.
Rantaviivoja
Elinympäristön menetys, saastuminen, valuminen ja lisääntynyt suolapitoisuus tuhoavat koralliriutat, meriheinät sekä muut lintujen ja kalojen elinympäristöt. Kun rannikkoalueiden kosteikot täytetään kasvavan ihmispopulaation huomioon ottamiseksi, jokien padot vähentävät makean veden virtausta, hidastavat ravinteiden valumista ja estävät kalojen kulkeutumista. Vähemmän makean veden merkitystä kosteikkojen ja suistoalueiden suolapitoisuuden lisääntymisestä vahingoittaa ruohoja, jotka puhdistavat vettä, kun ne virtaavat mereen. Metsäkadon aiheuttama eroosio lähettää lietettä jokiin, puroihin ja lopulta valtamerelle, mikä estää koralliriuttojen selviytymiseen tarvittavan auringonvalon.
Liikakalastus
Kalastusbiologit laskevat kestävän enimmäistuoton arvioidakseen populaatiosta korjatun kalamäärän vaarantamatta sen pitkäaikaista elinkelpoisuutta. Vuosina 1974–1999 turskan kestävän enimmäistuoton ylittäneen kalastuksen osuus kolminkertaistui 10 prosentista 30 prosenttiin. Center for Ocean Solutionsin mukaan 1990-luvun alusta lähtien saalis on ollut yksi maailman suurimmista tuottava kalastus, Okhotskinmeri, on laskenut kaksi ja kaksi ja puoli kertaa johtuen liikakalastus. Tyynellämerellä yli puolet saarivaltioista ei hallinnoi kestävästi koralliriuttojaan.
Merenpohja
Pohjatroolauksena tunnettua käytäntöä käyttävät kaupalliset kalastusalukset vetävät suuriin verkoihin kiinnitetyt suuret verkot merenpohjan yli. Kohdennettuihin lajeihin kuuluvat katkaravut, turska, kielikampela ja kampela, mutta kaikki merenpohjan varrella on kiinni. Pohjatroolaus voi vahingoittaa meriekosysteemiä pysyvästi ja sivusaaliit (muut kuin kohdelajit, kuten merikilpikonnat, merilinnut ja nisäkkäät) heitetään yksinkertaisesti yli laidan. Polkupyörän saalis voi olla 90% kokonaissaaliista, ja uhanalaiset kalat ja syvänmeren korallit tapetaan usein.
Happamoituminen
Ilmaston lämmetessä valtameri absorboi enemmän hiilidioksidia, mikä tekee siitä happamamman. Lisääntynyt happamuus estää meren eliöiden kykyä kehittää kuoria, ja tämä sisältää pienet planktoniksi kutsutut eläimet, jotka muodostavat valtameren ruokaverkon pohjan. Jotkut tutkijat ehdottavat, että tämä aiheuttaa myös joillekin merilajeille vähemmän päästöjä muodostavia rikkiyhdisteitä, jotka jäähdyttävät maapalloa. Ilmastomallit ennustavat, että tämä aiheuttaa 0,5 astetta (0,28 Fahrenheit-astetta) lisälämpenemistä tämän vuosisadan aikana.