Bioloogid kujutavad liikide vahelisi suhteid sageli hargneva puu kujul, kus kumbki neist sõlm puul tähistab ajahetke, mil protsessi käigus tekkis uus liik evolutsioon. Selgitamine, kuidas liigid on omavahel seotud ja kes kellest arenenud, võib olla keeruline ülesanne. Üks olulisemaid põhimõtteid, mida bioloogid nende nn fülogeneetiliste puude joonistamisel kasutavad, on parsimoonia põhimõte.
Parsimoonia põhimõte väidab, et kõige õigem on tõenäoliselt kõige lihtsam konkureeriv selgitus. 14. sajandi loogiku William of Ockami välja töötatud teooria on tuntud ka kui Occami habemenuga.
Bioloogid kasutavad fülogeneetiliste puude joonistamisel parsimoonia põhimõtet. Fülogeneetilise puu joonistamiseks peate kõigepealt kindlaks määrama, millised rühma liigid on üksteisega kõige tihedamalt seotud. Bioloogid võrdlevad üldiselt rühma liikide DNA-d või füüsikalisi omadusi ja otsivad erinevusi. Parsimoonia põhimõte, mida rakendatakse bioloogias, ütleb, et fülogeneetiline puu, mis nõuab kõige vähem evolutsioonilisi muutusi, on õige.
Lihtsaim näide hõlmab füüsilisi omadusi nagu suled. Oletame, et võrdlete kolme liiki nimega A, B ja C; A-l ja B-l on suled ja C-l mitte. Parsimoonia põhimõttest lähtudes võiksite järeldada, et kaks sulgedega liiki on omavahel tihedamalt seotud (s.t. ühine uuem ühine esivanem), kuna sel juhul oleks sulgede tunnuseks vaja ainult areneda üks kord. Alternatiiv tähendaks, et ühise esivanemaga sündis A ja veel üks liik, kellest sai nüüd C ja B ühine esivanem. Sel juhul oleks sulgede omadus pidanud kaks korda arenema; parsimoonia põhimõte väidab, et see pole õige ajalugu.
Kõige parempoolsemate fülogeneetiliste puude loomiseks võtavad bioloogid tavaliselt arvesse mitut geeni mitut omadust ja DNA järjestusi. Kui tegemist on ainult mõne liigiga, saate selle analüüsi teha silmaga; kuid liikide arvu kasvades kasvab ka võimalike evolutsiooniliste puude arv, mis võiksid neid kõiki ühendada. Parsimoonia põhjal õige puu määramine võib kiiresti muutuda väga keeruliseks probleemiks. Tänapäeval kasutavad bioloogid sageli arvutialgoritme, mis sorteerivad kiiresti läbi suure hulga võimalikke puid ja määravad igale skoori selle põhjal, kui palju evolutsioonilisi muutusi see vajaks.
Parsimoonia põhimõte on eeldus, mis kehtib tõenäoliselt enamikus olukordades, kuid ei pea alati tõsi olema. Võimalik, et liikide rühma tegelik evolutsiooniline ajalugu ei hõlmanud kõige vähem muutusi - sest evolutsioon pole alati parsimooniline. Teine lähenemisviis seoste määramiseks on nn maksimaalse tõenäosuse analüüs, mis kasutab statistilise analüüsi abil kindlaks, milline evolutsioonipuu on kõige tõenäolisem või tõenäolisem. Nii parsimoonial kui ka maksimaalsel tõenäosusel on oma pooldajad ja kriitikud.