Western blot on üks kõige tavalisemaid protseduure biokeemilistes laborites. Põhimõtteliselt eraldab see valgud proovist suuruse järgi, seejärel testib antikehi, et teha kindlaks, kas antud valk on olemas. See on kasulik lisaks teadusuuringutele ka meditsiinilistes või diagnostilistes laborites; Nii HIV kui ka puukborrelioosi testid hõlmavad näiteks ensüümiga seotud immunosorbentanalüüsi (ELISA) testi, millele järgneb Western blot, kui ELISA test annab positiivse tulemuse. Vaatamata populaarsusele on Western blottimisel siiski mitmeid puudusi.
Kvantitatiivne
Klassikalised Western blotid pole kvantitatiivsed. Teisisõnu, kuigi nad saavad teadlastele öelda, kas teatud valk on olemas, ei võimalda nad kvantifitseerida, kui palju valku on olemas. Mõned biotehnoloogiaettevõtted müüvad nüüd komplekte, mis võimaldavad teadlastel või laborantidel nende kogust kvantifitseerida valk esineb standardkõvera abil - kuid see töötab ainult siis, kui on olemas sama valgu puhtad proovid saadaval. Pealegi saab valgu molekulmassi hinnata ainult Western blot-meetodil, selle asemel, et seda täpselt määrata nagu massispektromeetrias.
Antikehad
Western blotti saab teha ainult siis, kui huvipakkuva valgu vastased primaarsed antikehad on saadaval. Ehkki biotehnoloogiaettevõtetelt on saadaval paljude erinevate valkude antikehad, pole need odavad; kui antud valgu jaoks pole esmaseid antikehi saadaval, ei ole selle konkreetse valgu otsimisel võimalik teha Western blot-analüüsi. Pealegi võivad teadlased soovida kindlaks teha, kas valku on mingil moel modifitseeritud - kui see on fosforüülitud (oli fosfaatrühm, mis on selle külge kinnitatud), näiteks - ja Western blot tehnikas vajavad nad modifitseeritud spetsiifilisi antikehi valk.
Koolitus
Western bloti korralik teostamine ja heade tulemuste saavutamine võib olla keeruline, seetõttu peavad töötajad olema hästi koolitatud. Selles, nagu ka paljudes muudes, on kogemus ehk parim juhendaja; isegi kogenud tehniku jaoks on Western blot aeganõudev. Näiteks katse geelelektroforeesi osa kulgeb tavaliselt üks kuni kaks tundi. Muid ülesandeid saab muidugi teha geeli töötamise ajal, kuid tulemuste saavutamiseks kulub katsele siiski üsna palju aega.
Muud piirangud
Antikehad võivad mõnikord seonduda sihtmärgivälise seondumisega, mis võib põhjustada kehvemaid tulemusi. Veelgi enam, Western blot-testimisel kasutate konkreetse valgu vastaseid antikehi, nii et teie tulemused näitavad teile ainult seda valku. Kõrglahutusega massispektromeetria seevastu paljastab kõik proovis olevad valgud ja erinevalt klassikalisest Western blotist on see kvantitatiivne. Muidugi on oluline meeles pidada, et massispektromeetria on Western blotiga võrreldes palju kallim ja ka tehniliselt keerukam kasutada.