Mikrobioloogid uurivad mikroorganismide omadused nagu vetikad, algloomad, bakterid, seened ja viirused mikroskoobi abil. Kui mõningaid organisme, nagu algloomad ja pärmirakud, on märgkinnituse abil lihtne jälgida, vajavad bakterirakud värvimist. Bakterirakkude ja rakustruktuuride paremaks visualiseerimiseks töötasid teadlased välja mitu meetodit, näiteks grammi värvimine, happekindel värvimine ja fluorestseeruv värvimine. Selliste värvimismeetodite abil on võimalik tuvastada struktuurilisi tunnuseid, mis aitavad baktereid klassifitseerida.
Parem visualiseerimine
Bakteriaalsed organismid on nii väikesed, et enamik neist on nähtavad ainult a-ga mikroskoobi all suurendusjõud 1000X-st. Pelk suuruse suurendamine ei taga siiski piisavat selgust, mistõttu tuleb visualiseerimiseks vajaliku selguse tagamiseks enne vaatlemist bakterid värvida.
Identifitseerimine ja klassifitseerimine
Bakterite värvimine bakteritüüpide eristamiseks on tuntud kui diferentsiaalvärvimine. Grami plekk on üks selline diferentsiaalne plekk, mis eristab baktereid nende rakuseina sisalduse põhjal. Selle meetodi korral reageerivad bakterirakud violetse värvusega kristallvioletse värviga. Värvimisvastase aine lisamisel kaotavad mõned bakterirakud värvi, teised aga mitte. Safraniinipleki lisamisel võtavad värvunud rakud pleki punaseks, samas kui bakterirakud, mis värvi ei kaotanud, jäävad violetsed. Bakterirakke, mis võtavad punase värvi, nimetatakse gramnegatiivseteks organismideks ja neid, mis värvi ei võta, liigitatakse gram-positiivseteks organismideks. Grammiga värvimine annab kiire meetodi nakkustes osalevate bakterite esmaseks tuvastamiseks. Samamoodi aitab happekindel värvimisprotseduur spetsiifiliselt tuvastada bakterid, mida nimetatakse mükobakteriteks, näiteks Mycobacterium tuberculosis.
Elujõulisuse tuvastamine
Bakterikultuuri proovides on sageli oluline tuvastada elusate bakterirakkude olemasolu. Värvimismeetodid, nagu fluorestsentsvärvimine, aitavad tuvastada, kas kultuurirakud on elujõulised või mitte. Elusbakteritel on võime muuta 5-tsüano-2,3-ditolüültetrasooliumkloriidi (CTC) plekk värviks, millel on punane fluorestsents. Seega, kui CTC-ga värvitud kultuurid kiirgavad sellist fluorestsentsi, näitab see elujõuliste bakterite olemasolu. Propiidiumjodiid on plekk, mis toimib ainult eluta rakkudel, millel on kahjustatud membraan, ja seetõttu on see kasulik surnud bakterirakkude tuvastamisel.
Rakustruktuuride tuvastamine
Värvimine annab meetodi mitmete rakustruktuuride selgeks visualiseerimiseks. Näiteks võimaldab Fuelgeni värvimismeetod tuvastada bakterirakkude tuuma, Alberti plekk on aga kasulik metakromaatiliste graanulite visualiseerimisel. Samamoodi võimaldab hõbedaga immutamise tehnika tuvastada spiroheetid. Ryu plekiga värvimisel on lipukesi lihtne jälgida. Malahhiidi roheline värvimine aitab tuvastada bakterite eoseid.