Võib-olla on kõige olulisem viis hallituse eoste eristamiseks bakterite endospooridest see, et hallitusseened liigitatakse nn kõrgemateks seenteks. Sellisena iseloomustavad nad seda, mida bioloogid nimetavad eukarüootse rakutüübiks. Bakteriaalsed endospoorid moodustuvad seevastu bakteritest, mis klassifitseeritakse rühmana prokarüootsete rakutüüpide hulka. Prokarüootse raku ja eukarüootse raku erinevus on bioloogias fundamentaalne. Kõige lihtsamalt öeldes on bakterirakk struktuurilt palju lihtsam.
Eukarüootne rakk - nagu hallitusseente eosed - on täis rakustruktuuride kompleksi, mida nimetatakse organellideks. Organellid täidavad kõikvõimalikke rakufunktsioone ja üks silmatorkavamaid organelle on tuum. Hallitusseente eukarüootne rakutuum sisaldab DNA-d, mis võimaldab rakul toimida ja paljuneda. See on erinevalt bakteriaalsetest endospooridest, kus DNA on raku tsütoplasmas enam-vähem vaba.
Peale tuuma sisaldab eukarüootne hallituse eosrakk selliseid organelle nagu endoplasmaatiline retikulum või ER. ER on sisuliselt nagu volditud membraanide rägastik, milles viiakse läbi palju raku jaoks elutähtsaid biokeemilisi protsesse. Hallituse eostes on ER ühendatud tuumaümbrisega, membraaniga, mis ümbritseb rakutuuma. Bakteriaalsetes endospoorides puudub see paigutus.
Bakteriaalsed endospoorid ei oma praktiliselt ühtegi rakulise keerukuse taset, mis esineb eukarüootsetes hallitusseente eostes. Teine erinevus bakteriaalsete endospooride ja hallituse eoste vahel - lisaks nende rakutüüpide põhilisele erinevusele - on nende roll nende vastavate organismide elulugudes. Bakteriaalne endospoor on resistentne struktuur, mis moodustub bakteri rakus. Erinevalt hallituse eostest on bakteriaalne endospoor spetsiaalselt kohandatud ebasoodsate keskkonnatingimuste vastu. Bakteriaalsete endospooride põhijoon on ühend nimega dipikoliinhape. See ühend, ehkki hallituse eostes ei ole levinud, on vahend bakteriaalsete endospooride resistentsuse vahendamisel ebasoodsate keskkonnatingimuste suhtes.
Bakteriaalsete endospooride ja hallituse eoste vahel on arvukalt muid erinevusi. Enamik neist on jällegi seotud eukarüootse ja prokarüootse raku põhimõttelise eristamisega. Lisaks juba kirjeldatutele on hallituse spooris palju muid organelle, kuid bakterite endospooris puuduvad. Nende hulka kuulub struktuur, mida nimetatakse Golgi aparaadiks, ja teised sarnased nn tuumaga. Tuum on struktuur eukarüootsete rakkude tuumas ja on aktiivne rakkude funktsioonile kriitilise valgusünteesi korral. Bakteriaalsed endospoorid täidavad paljusid samu olulisi eluülesandeid nagu hallitusseente eosed, kuid nad teevad seda ilma hallituse eosesse kuuluvate keerukate organellide eelisteta.