Florida Keysi ökosüsteem koosneb erinevatest elupaikadest, sealhulgas mangroovid, korallrahud ja pinelands, kus on palju unikaalseid liike. Ka inimesed on osa ökosüsteemist ning nende tegevus mõjutab kõiki elupaiku ning neid elavaid loomi ja taimi. Keysi ökosüsteem koosneb väikesest maa-alast, seetõttu suureneb inimtegevuse mõju. Mõjud hõlmavad veereostust, invasiivsete liikide arvu suurenemist, ülepüüki, paadisõidu ja linnaarengu negatiivseid mõjusid ning ülemaailmset kliimamuutust.
Kagu-Florida või Florida Keysina tuntud piirkonna elanikkond on aastatel 1970–2008 kasvanud üle 3,9 miljoni inimese. Apelsinisalud on andnud koha elamuarendustele, ribakeskustele, tööstusele ja maanteedele. Need muutused on toonud kaasa looduslike elupaikade hävimise. Lisaks on suurenenud veereostus reoveepuhastuse ning septiku ülevoolu ja sademevee äravoolu tõttu, mis sisaldab naftat, pestitsiide ja raskmetalle.
2010. aastal külastas võtmeid 3,8 miljonit inimest. Paljud neist külastajatest tegelesid näiteks kalapüügiga. Lisaks huvitegevusega tegelevatele turistidele ja elanikele on piirkonnas suur tööstus ka kutseline kalapüük. Ülepüük on vähendanud liike Keys'i ökosüsteemis, jättes väiksemad kalad ja muutes keeruka toiduvõrgu koostoimeid.
Paadisõit selles piirkonnas on põhjustanud mitte ainult otseste manaatide vigastusi, mis on põhjustatud sõukruvidest, vaid ka sõukruvid on armistanud suuri meriheina alasid. Paadid jooksevad madalikule ja kahjustavad korallrahusid, kui ankrud kraapivad neid delikaatseid koosseise. Igal aastal toimub võtmetes üle 500 maanduse. See hävitab elupaiga ja mõjutab negatiivselt kogu toiduahelat, mis viib liikide edasise kadumiseni.
Inimesed liiguvad liikudes kaasa liikidest teistest piirkondadest, mis võivad sattuda ökosüsteemi. Need liigid võivad elama asuda ja kuna neil pole kiskjaid, võivad nad olla väga edukad, konkureerivatest kohalikest liikidest ja muuta kogu ökosüsteemi dünaamikat. Florida Keysi sissetungivate loomade ja taimede hulka kuuluvad lõvikala ja Guinea rohi. Lisaks kõigile neile kohalikele otsestele ja kaudsetele mõjudele soojendatakse globaalse soojenemise mõjusid ka sealsetes vetes piirkonda 4–10 kraadi Fahrenheiti võrra ja tõsta merepinda, mis võib põhjustada ökosüsteemi jaoks liiga kiireid muutusi remont.