Elupaikade hävitamise esmane mõju on bioloogilise mitmekesisuse vähenemine, mis viitab eri loomade ja taimede liikide mitmekesisusele ja arvukusele konkreetses keskkonnas. Kui loom kaotab ellujäämiseks vajaliku loodusliku kodu või elupaiga, väheneb tema arv kiiresti ja ta liigub väljasuremise suunas. Hinnanguliselt on väljasuremisohus 14 000–35 000 liiki ja elupaikade hävitamine on üks peamisi põhjusi.
Tolmeldamine ja seemnete levitamine
Nii looduslikud kui ka põllumajanduslikud taimed sõltuvad paljunemiseks tolmeldamisest. Puu- ja köögiviljad, mis on inimese toidusedeli põhikomponendid, sõltuvad mesilastest ja muudest putukatest õietolmu ülekandmisel lillelt lillele. Kui elupaikade hävitamine vähendab nende tolmeldajate sorte, langeb ka saak. Näiteks kasvavad ainult metsades pesitsevad varjatud mesilased Costa Ricas 20 protsendi võrra saagikust metsalaikude lähedal asuvates kohviistandustes. Paljud taimed toetuvad seemnete levitamisel ka loomadele, eriti neile, kes söövad puuvilju. Seda tüüpi loomade elupaikade hävitamine võib tõsiselt mõjutada neist sõltuvaid taimeliike.
Kliima reguleerimine
Bioloogiline mitmekesisus mõjutab kliimat peamiselt atmosfääri süsinikdioksiidi hulga reguleerimise kaudu. Metsaelupaikade hävitamine vähendab metsade võimet süsinikdioksiidi imada. Taime kasvukiirus ja puitumine määravad selles sisalduva süsiniku voolukiiruse. Maastiku mustrid on samuti olulised, kuna süsiniku sidumine on metsatükkide servades vähenenud. Mereökosüsteemid mängivad olulist rolli ka süsiniku sidumises.
Kahjurite ja haiguste tõrje
Kahjurid on sageli suunatud teatud tüüpi taimedele. Kui elupaigad hävitatakse ja taimede mitmekesisus väheneb, sisaldab keskkond rohkem teatud tüüpi taimi. See hõlbustab kahjurite levikut. Taimede mitmekesisus pakub elupaiku suuremale hulgale putukatele ja teistele loomadele ning kahjurite looduslikele vaenlastele. Seentaimehaigused on raskemad monokultuurilistes piirkondades, kus kasvatatakse ühte tüüpi kultuure.
Kaudsed mõjud
Inimeste toidu, rõivaste ja peavarju tootmine sõltub mitmel kaudsel viisil ökosüsteemide elurikkusest. Põllumajanduskultuuride suur mitmekesisus kaitseb põllumehi viljapuudulikkuse eest. Elupaikade hävitamine ja liikide mitmekesisuse vähendamine võib muuta ökosüsteemid invasiivsete liikide suhtes haavatavamaks ning mõjutada kaudselt inimeste tervist ja heaolu. Invasiivsete liikide mõju illustreerib see, mis juhtus, kui basse viidi Panamasse Gatuni järve. Bassi olemasolu põhjustas sääsevastsete kiskjate vähenemise ja malaaria esinemissageduse suurenemise.
